湯若望、南懷仁都是康熙帝十分寵信的傳教士。

湯若望，耶穌會傳教士，明朝晚期來華傳教，從歐洲帶來不少數理天文書籍和科學儀器。宦官魏忠賢專橫，他前往西安，除了進行宗教活動，還從事科學研究和著述。在徐光啟 (崇禎朝官至禮部尚書兼文淵閣大學士，與利瑪竇合作譯歐幾里得《幾何原本》前六卷，編纂集中國古代農學之大成的《農政全書》) 力薦下，湯若望回北京供職於欽天監曆局。二人合力編修《崇禎曆書》，此書是對中國傳統曆法的重大改革。

清兵入關，湯若望投歸清朝，擔任欽天監監正 (天文曆法局局長)。他深得攝政王多爾袞和順治帝信任。康熙帝繼位，對天主教採寬容態度，願意聽傳教士講道，竊以為受湯若望影響。

輔政大臣鰲拜等一直反對西洋學說，且不滿外國人參議朝政，敵視傳教士。他聯合欽天監官楊光先 (曾說：「寧可使華夏無好曆法，不可使中國有西洋人」)，誣陷湯若望等傳教士「潛謀造反」、「邪說惑眾」、「曆法荒謬 (將吉時、凶時倒置)」，史稱「曆獄」。當時湯若望已經七十三歲 (康熙三年，1664 年)，有病在身，言語不清，只能由南懷仁代言。他被判凌遲，卻因孝莊太皇太后懿旨 (「湯若望向為先帝所信任，禮待極隆，爾等欲置之死地耶？」) 獲釋免死。康熙八年 (1669 年)，康熙帝給湯若望平反，湯若望三年前病死。

南懷仁也是耶穌會傳教士，本來在山西傳教，後來受召前往北京協助湯若望。他精於亞里士多德的邏輯學，對天文、曆算有深刻認識，更曾助清廷鑄造紅衣大炮。「曆獄」期間，他逐條駁斥楊光先等在曆法推算方面的錯誤。康熙二十七年 (1688 年) 在北京逝世。

受來華傳教士影響，康熙帝對西方文化深感興趣，並非常重視自然科學，曾學習代數、幾何、天文、醫學等知識，有很高的科學素養。他又學習測量、物理、化學等，每逢出巡，必實踐應用，藉科學方法和西方儀器繪製地圖，康熙帝因此有「科學家皇帝」的稱號。

不過，康熙帝晚年墨守成規，缺乏創新，且擔心西方先進科技會動搖騎射起家的滿清統治，對科學處處防範。復加上中國傳統舊俗與天主教教義相抵觸 (羅馬天主教宗禁止中國教徒祭祖祭孔，以為與天主教教義相悖，不可容忍。康熙帝重申，「眾西洋人，自今以後，若不遵利瑪竇規矩，斷不准在中國住，必逐回去。」所謂「利瑪竇規矩」，即允許中國教友繼續祭天祭祖祭孔。整場爭論稱「中國禮儀之爭」)，保守派官僚群起攻擊科學為「奇技淫巧」，康熙帝卒之下令禁教，傳教士被逐，中國閉關自守，科學發展停滯。

對外貿易方面，發展蓬勃，大量茶葉、絲綢、棉布、瓷器、漆器經廣州運往歐洲銷售。康熙五十九年 (1720 年)，廣州商行發展到十六家，其未幾在官府支持下，成為具壟斷性的「公行」。