噶爾丹是蒙古準噶爾部首領巴圖爾琿台吉第六子，僧格的異母弟。巴圖爾琿台吉臨終前指定僧格為繼承人，僧格聯清抗俄，與清朝關係友好。可惜他不久被殺，準噶爾部群龍無首。

噶爾丹自幼被西藏五世達賴 (曾獲順治邀至北京) 認定為四世的轉世，積極培育。可是，他對佛學並無興趣，只好軍事，《秦邊紀略》卷六噶爾丹傳：

噶爾丹有大志，好立奇功，父母深愛之，欲立為琿台吉。噶爾丹曰阿哥在……獨身往烏思藏……居烏思藏日久，不甚學梵書，唯取短槍摩弄……

僧格被殺，噶爾丹從西藏返回，被擁立為準噶爾部首領，繼承琿台吉稱號。他統一了天山以北的草原地區，五世達賴稱之為「博碩克圖汗」。往後噶爾丹征戰不斷，取哈密、吐魯番，並臣服哈薩克諸部、吉爾吉斯等。

噶爾丹得到俄國支持，攻打土謝圖汗部 (蒙古喀爾喀部四部落之首)，改變了兄長聯清抗俄的外交方針，土謝圖汗尋求清朝庇護。適值《尼布楚條約》簽訂，俄國放棄對噶爾丹支持，加上駐地科布多大旱、僧格之子策妄阿拉布坦背叛 (佔據噶爾丹原根據地，令其滯留科布多)，噶爾丹陷入腹背受敵的困境。與清朝爭奪水草肥美的漠南地，尤其招致損兵折將。

清朝為保京師安全和邊疆穩定，於康熙二十九年 (1690 年) 派兵到蒙古駐防。康熙帝初擬親征噶爾丹，但因患瘧疾返京。未幾，噶爾丹率兩萬軍隊往烏蘭布通布陣。清軍與之接戰，初時不敵準噶爾軍的俄式滑膛槍，隨著火炮的運用，在連環炮轟下，噶爾丹大敗。「烏蘭布通之戰」為清朝殲滅準噶爾汗國奠下基礎。

六年後 (1696 年)，噶爾丹得到西藏支持，休養生息，再次進軍喀爾喀部。康熙帝御駕親征，發兵十萬，分三路出擊。西路軍在昭莫多 (今外蒙古烏蘭巴托以南) 大敗準噶爾軍。費揚古、馬恩哈繼而進剿噶爾丹殘部，取得決定性勝利。康熙三十六年 (1697 年)，噶爾丹暴死，一說服毒自盡，一說病死。

噶爾丹逝世，策妄阿拉布坦成為準噶爾部首領。他開始密謀推翻支持噶爾丹的西藏實際掌權者 – 第巴桑結嘉措。蒙古和碩特汗王拉藏汗毒死第巴桑結嘉措，另立六世達賴。策妄阿拉布坦聞訊，派兵攻入拉薩，殺拉藏汗，自此西藏受其控制。直到「撫遠大將軍王」胤禵 (康熙十四子) 領兵攻藏獲勝，清朝才建立對西藏的直接統治。

日本史家若松寬 (專研蒙古史) 說：

倘若噶爾丹不與清朝為敵，回過頭來集中精力對付佔據博爾塔拉的策妄阿拉布坦，也許他創建的喇嘛教 – 準噶爾世界帝國的理想就有可能實現也未可知。(＜清代蒙古的歷史與宗教＞)

頗有道理。

順帶一提，康熙年間，火炮的性能、命中率和製造技術已大幅提升，達到前所未有的水平。對準噶爾的戰役中，康熙帝高度重視火炮的威力，此乃致勝關鍵，清軍以騎射為主的傳統作戰方式亦徹底改變。