第五次江陳會談所簽訂的智慧財產權保護合作協議全文中，涉及植物品種權者主要有二，其一是雙方互相承認優先權，第二是雙方同意在各自公告的植物種類範圍內受理對方的申請，並就擴大可申請植物種類進行協商。這樣的協議台灣虧很大，原因在於兩國「農民免責」的基礎不同。

根據中國品種權法，農民自行繁殖具品種權的種苗，只要不去賣種苗，是不視為侵權的。譬如我國桃子品種到中國申請獲得權利保護，但該國農民只要花錢買一株種苗，回去後繁殖了一千株同品種的桃子幼苗種在自家果園，只要不賣種苗，每年出售全部桃子果實，並不構成侵權，即農民可以免責。這是因為中國的農民免責適用於所有植物種類，而且其品種權不及於收穫物。相反的，中國育種家所育成的桃子品種若獲得我國品種權保護，我國農民相同的行為卻會被視為侵權，因為我國品種權法的權利範圍及於收穫物，農民免責也只限於政府所公告的植物種類，但目前僅公告水稻一種。

兩國品種權法的差別在於所根據的國際公約版本不同。我國根據的是一九九一年版，中國的是一九七八年版。一九七八年版公約的農民免責的確是適用所有種類，施行了十年後國際上發現其漏洞太大，品種權法喪失其意義，也就是說透過農民免責，發明人幾乎收不到權利金，因而才有一九九一年版的修正。但是鑑於若干重要農作物對於國家社會的重要性，因此保留彈性，各國得根據其需要，保留若干類作物，讓農民仍然具有免責權可以繁殖自用。

由前述的分析來看，顯然兩方所簽的協議文，就農業來講，我國是明顯地輸了一大塊。（作者分別為台灣大學農藝學系、法律學系教授，我國「植物品種及種苗法」修法原始起草人）