扁案起訴書面世，內容全然不令人驚奇，因全都被泛藍媒體爆料過，可見所謂司法「偵查不公開」，在該案中完全不存在。

兩百頁的起訴書，主要指控有三大項：一是貪污國務機要費，二是接受賄款，三是洗錢。第一項是「歷史共業」，又有馬英九同性質的特支費獲判無罪的先例，顯然很難定罪；而第三項，只有錢是非法所得，才算洗錢，否則在銀行轉多少次，都不構成犯罪。對於第二項的「賄款」則值得探討，而這一項可爭議之處頗多，除歷史遺留的政治獻金制度缺陷等問題之外，僅起訴書本身，就有諸多令人質疑之處：

首先，說扁家拿錢的「證人」辜仲諒，是人所共知的通緝要犯，在扁案關鍵之際「突然」從日本包機回台作證。馬政府和這名通緝犯明顯像有幕後交易。一名多年通緝犯，回台後既沒被羈押，更不被起訴，甚至還允許其自由回日本，台灣還有沒有司法？這難道不是太明顯的為給陳水扁定罪而不擇手段嗎？

其次，龍潭購地案主角、辜家的另一後人辜成允，則把扁家認為的政治獻金咬定為佣金，即檢方認定的賄款。起訴書論證說，辜成允公司資金困難，「背負巨債，當然不可能給陳水扁政治獻金」。但在同頁起訴書上，辜成允作證說，他當時給了國民黨政治獻金；在同樣資金困難下，給國民黨政治獻金就有錢，而給陳水扁政治獻金就「不可能」，邏輯在哪裡？而且既然檢方認定辜成允是賄賂，那為什麼不起訴行賄者？唯獨起訴另一方，這不等於把送錢的人當政治獻金者，卻把接受人當受賄者，有這種邏輯嗎？

第三，特偵組事先就想給扁定罪的意圖早被人質疑，在這次起訴書中更顯露無遺，因裡面居然有和陳述事實完全無關的形容詞句：貪得無厭、品行甚差、大肆干政、貪婪成性、濫用權勢、敗壞官箴等等。這哪是法律語言？如此非專業實令人目瞪口呆。能把泛藍媒體上名嘴的仇恨、煽情語言坦然寫進起訴書，以這種心態辦案，此案還有任何公正可言嗎？

第四，更荒唐的是，在指控扁家貪污的幾個關鍵處，金額上都是空格。例如「佣金應在新台幣Ｘ億元」，「約新台幣Ｘ億元賄款之流程如下」等。在真正的司法制度下，這個起訴書應是無效的，因連「賄款」多少都沒有，你起訴什麼？在遭廣泛質疑下，新版本才添上了金額。這說明，包括檢察總長在內的特偵組成員，對起訴書全文都沒有仔細看一遍就急於公佈，完成年內交差的誓言。面對如此國際關注的大案，特偵組之草率、之不專業、之急迫的心態，一目了然。而這種「金額空格」更啟示人們，起訴書在偵結前就已寫好，給扁的罪也都定好，只等金額數了，否則不可想像這種嚴重疏漏。

第五，起訴書沒有提出求刑多少年，而是打破慣例地提出「給予最嚴厲之制裁」。這是清楚地事先留下最大的量刑空間，到時候馬政府可根據政局來彈性處理扁案，從五年到無期。哈佛法學博士、曾做過司法部長的馬英九，早在扁案被起訴前就把陳水扁定性為「馬可仕」；這不僅是未審先判，給檢方變相指令，更是令人嘆為觀止的司法白癡景觀。而起訴書露出的清晰「馬」腳，也等於再次展示此案的政治性。