2022.01.08 譯者 / 蔡蘊明｜國立臺灣大學化學系名譽教授

阿諾開始操弄演化

有好些年，她試圖改變一個稱為「枯草桿菌蛋白酶」的酵素，讓它不是在水溶液中催化化學反應，而能在一個有機溶劑：二甲基甲醯胺（簡稱 DMF）中運作。此時她刻意在酵素的基因密碼中製造隨機的變化──突變──然後將這些突變的基因引入細菌中，並產出數千種不同變體的枯草桿菌蛋白酶。 在這之後的挑戰是如何從如此眾多的變體中，找出在該有機溶劑中運作效率最高的那些酵素。在演化學中，我們說的是適者生存；在定向演化學中，這個階段稱為「選汰」。 阿諾利用枯草桿菌蛋白酶能切割一種牛奶蛋白質──酪蛋白──的能力，在一個 35% DMF 水溶液中，先選汰出切割酪蛋白最有效率的枯草桿菌蛋白酶變體，接著在這個變體中進行下一輪的隨機突變，得到另一個在 DMF 中運作效率更高的變體。 於第三代的枯草桿菌蛋白酶中，她找到了一個變體，其在 DMF 中的運作效率比原始的酵素要高 256 倍。這個酵素的變體總共含有十個不同位置的突變，最終造成的優異效果是沒有人能夠事先預測的。

透過這些實驗，阿諾展示了若要掌控新酵素的研發，僅憑藉人的推理能力，將遠遜於讓機率以及定向（人為）選汰來運作的力量。這是我們現在所見證的革命性發展之第一步，也是最具決定性的一步。 接下來的另一重要步伐，是由一位荷蘭研究人員及發明家史坦姆（Willem P. C. Stemmer）所邁出的，但他已於 2013 年過世。他引進了另一個酵素定向選汰的維度：試管中的交配。

交配──為了更穩定的演化

一個自然演化的先決條件是不同個體的基因可透過交配或授粉的方式混合，有用的性質可藉此結合，而得到更強壯的生物體，在此同時，較不具功能的基因突變，將於代代相傳的過程中消失。 史坦姆運用的是交配的試管對等法：DNA 改組（DNA shuffling）。在 1994 年，他將基因的不同版本切割成小片段，然後透過 DNA 科技的工具，將這些片段重新組合成一個完整的基因，就好像是原始基因的一個馬賽克版本。 透過好幾輪的 DNA 改組，史坦姆將一個酵素改變成比原始版本更有效率。這顯示利用基因的交配──研究人員稱之為「重組」──可達成更有效率的酵素演化。

新酵素製出永續生質燃料

那些 DNA 科技的工具自 1990 年代初期開始不斷的優化，用於定向演化的方法亦倍數成長。阿諾在這些發展中一直具有領先的優勢；現在她的實驗室所產出的酵素能催化的化學反應，甚至於根本不存於大自然中，而能製造出全新的材料，她裁製出的一些酵素也成為製造不同物質（例如藥物）的重要工具。化學反應不但可被加速，且減少不要的副產物。在某些例子中，可以去除透過傳統方法須使用的重金屬，大幅減少對環境的衝擊。 事情的發展更回歸了原位，阿諾又重新回頭開始研究再生能源的製造。她的研究小組研發出一些酵素，能將簡單的糖轉化成異丁醇，那是一種高能量物質，可用於製造生質燃料和較永續的塑膠。一個長程目標是製造出的燃料能讓運輸業更為環境友善，另類燃料──用阿諾的蛋白質所製造的──能用在車輛或飛機上。以這樣的方式，她的酵素促成了一個更永續的世界。