前節所述，提供了許多引起便意的方法，如果這些方法能有效引起便意，並且能順勢順利的排出糞便，當然最好。但是，往往在有了便意之後依然無法順利的將糞便排出，因此，要改善便祕的症狀，首要之務在找出引起便祕的原因，再針對原因作改善。

由於便祕種類甚多，所以必須針對個別情況採取改善的措施，比如說：是否因工作壓力、生活環境的驟然改變、飲食不當、錯過排便時機、服用藥物...等原因所造成，在確定了原因之後，再針對這些原因作改進就會有所改善了。

一般稍有概念的人的觀念裡對便祕的解決之道是吃大量的水果、蔬菜，藉由食物纖維的大量攝取增加糞便量，並保持適當的水分，因而提高腸子的內壓，刺激股盤神經以引發便意達到治療便祕的目的。這樣的方法對於輕微的便祕會有效果，但如果是已經進入重症型的便祕時就不見得能奏效（就像前所述及，即使有了便意可是仍有可能無法順利排出糞便）。

改善便祕最根本的方法是設法改善腸道內的菌群生態，無論如何，必須有益菌在數量上及活性都比有害菌來得強才可以，也就是必須大量增殖腸道內的比福多菌。由於比福多菌能夠分解進入腸道內的糖類而衍生出醋酸及乳酸等有機酸，使得腸道內的酸鹼值（pH）保持酸性狀態，由於酸性會刺激腸壁，腸壁蠕動因而變得更旺盛，有助於糞便的排出體外。又因有機酸的增加，腸內環境呈酸性，使得喜好鹼性環境的有害菌之繁殖受到抑制，諸如大腸菌、梭狀芽孢菌及下痢病原菌之數量大幅降低，而有益菌比福多菌卻因有了增殖所需的養料而益形增加，如此一來一往之下，腸道內的菌群變成有利於宿主的生態模式，腸道功能更為強化，因此對便祕、下痢、肝炎、大腸癌等的預防及治療具有絕對性的正面功能。