椰子油的飽和脂肪酸含量超過豬油兩倍，長期食用曾一度引起醫生關注, 會增加心臟病和腦血管疾病的風險。

從2012年起，坊間便流傳椰子油可以預防和醫治疾病的說法，部分團體和商人聲稱椰子油具有治病療效，把椰子油包裝成保健產品推銷，不但在報刊的專欄宣傳椰子油對失智症和皮膚病具有神奇療效，還利用博客和網絡論壇作出椰子油能夠改善皮膚病的宣稱，甚至聲稱已獲醫學認可。然而，香港醫學界和台灣消基會都指出，這些有關椰子油可以治病的宣傳是「以偏概全」，仍然缺乏足夠臨床醫學證明，而長期進食椰子油攝取大量飽和脂肪酸，卻會嚴重危害血液循環系統健康，導致心臟病和腦中風。

對於有椰子油推銷員宣稱椰子油是世上最好的油，聲稱天然的椰子油不但沒有反式脂肪，還能幫助燃燒身體的脂肪，從而幫助減重，並宣稱醫學界使用氫化椰子油作為研究的數據，才會出現椰子油不健康的結論。然而，醫學界指出即使是天然的椰子油，也不能改變椰子油含有高達百分之八十以上是飽和脂肪的本質，並指出植物油的反式脂肪，是由於植物油在氫化過程中，未能完全氫化而產生。醫學界同時指出其他植物油，例如花生油、玉米油、橄欖油和葵花籽油等常見食油在未經氫化的情況下，同樣不會含有反式脂肪，但天然椰子油含有的飽和脂肪，卻遠高於其他常見的植物油。椰子油的飽和脂肪含量也高過同樣被認為不健康的豬油和棕櫚油，而飽和脂肪會令人體內的低密度膽固醇上升，並在血管壁沉積，不利心臟健康。

對於部分商人和推銷員強調天然椰子油不含反式脂肪，卻故意忽略天然椰子油含有大量飽和脂肪對人體的壞處，醫學界並不予認同，並指出不論是反式脂肪或飽和脂肪，都是人們應該避免大量攝取的脂肪酸。由於天然椰子油本身已含有大量對血管有害的飽和脂肪，若僅以天然椰子油不含反式脂肪，便聲稱天然椰子油比其他未經氫化的植物油健康，這種避重就輕的說法並不成立，多吃椰子油甚至帶來反效果。由於椰子油對心臟和血管會造成危害，世界衛生組織、美國國家醫學研究院、美國心臟協會等，都把椰子油列入應該避免食用的飽和脂肪之列。