陸軍下士洪仲丘案延燒逾兩周，國防部成為過街老鼠，至今仍無法止血。儘管道歉層級愈來愈高，懲處與收押名單愈來愈長，卻絲毫得不到肯定。這場「洪仲丘之戰」，國軍一敗塗地，外部形象、內部士氣雙輸。
從兵法的角度看，國軍之所以慘敗，在於平日內部管理、節制機制層層鬆脫，面對危機又嚴重誤判局勢，戎機一失再失，終使局面不可收拾。就內在因素而言，此次國軍暴露的弊病有三：一是管教心態失當，二是士官階層素質欠佳，三是危機處理能力奇差。
先談管教心態的扭曲。軍隊為因應戰爭，自必須強調服從、紀律、威權，並從平日訓練中培養這些精神。但威權管理只是求勝的手段，軍隊存在的根本意義，是要官兵身處沙場時能執行可能犧牲性命的任務，這就需要仰賴更高層次的信念──如愛國心、榮譽感及袍澤之情來驅動。換言之，管理部隊必須恩威並施、以身作則，使紀律奠基於義氣之上，才能建立成員間生死與共的情懷。但從洪仲丘事件看來，國軍仍然充斥「嚴而無恩」、不懂領導三昧的幹部。
再談士官階層素質的參差。士官的角色，主要是承上執行軍官命令、對下領導士兵作戰；相較輪調頻繁的軍官，久任士官往往才是基層骨幹。問題在，優秀士官可讓部隊順暢運作，不良士官卻易成為欺下瞞上的地頭蛇。從洪仲丘案看來，違法關他禁閉、將他操練至死的，都是士官層級，尤其連遭不斷爆料涉及行為不檢及呼風喚雨的范佐憲上士，不僅流於濫權自恣，品格亦有嚴重問題，而上級軍官識人不明亦難辭其咎。
國軍士官階層的核心是士校畢業的「常備士官」，但過去很長一段時間，士校卻淪為國中「放牛班」的最後去處。結果，不僅士官素質甚不理想，更易與「升學勝利組」的高學歷義務役士兵潛藏衝突。近年國軍雖將士校學制提升到二專，又從志願役士兵中擇優拔擢，有助改善新進士官素質；但十年之病，終究不是「三年之艾」所能根除。面對即將到來的精進案，國防部更須謹慎對幹部汰弱留強，切忌淪為徒剩糟粕的局面。
最後，談軍方的危機處理能力。一開始，國防部即遲鈍泄沓，誤判案件的嚴重性，僅循例將「指揮鍊」相關人員行政處分；但隨著民怨沸騰，又將記過範圍擴張到軍團指揮官與陸軍司令，甚至宣布取消禁閉制度，以為如此「大動作」就能應付了事。這些舉措，顯示軍方全然不能體會洪家及社會所關心的主要是洪仲丘的死因真相；將根本不認識洪員的高階將領納入記過申誡，乃至連家屬都批評為「因噎廢食」的取消禁閉，皆坐實外界認為軍方「毫無誠意檢討」、「只重表面功夫」的印象。因貽誤了先機，導致後來連串補救偵辦都只能被輿論牽著鼻子走，再也抓不回發言權。
在軍檢偵辦重案經驗不足及社會普遍的不信任下，引進「一般」檢調，可謂拯救調查的唯一法門。誠然，現役軍人觸犯軍法，仍須由軍法體系處理；但本案同時涉及普通刑法的滅證罪，因此軍民檢方共組「專案小組」聯合偵查後各自起訴，不失為一可行之「巧門」。未料，國防部副部長楊念祖在遊行現場作出允諾，且代表國防部簽名為憑，引發現場一片叫好；不料，卻隨即被憂心「違法」的馬總統否決。
事實上，洪案的湮滅證據部分如今依法由桃檢偵辦，而桃檢與軍檢在調查上必須互通有無，如此一來，「聯合偵辦」的事實其實某種程度已存在。遺憾的是，當局不知利用契機扭轉形象，反在猶疑瞻顧之間製造更多民怨，讓「朝令夕改」的國防部與「打下屬耳光」的總統形象皆受損。
總之，一連串的疏失與錯誤，已讓洪案成為沖垮國軍形象的超級土石流；原本就極困難的募兵作業，勢必更雪上加霜。但對國防部而言，這也是一次徹底自我揭弊、自我反省的大演習；若能藉此整頓革新、掃除敗類，洪仲丘的犧牲才可謂「死有重於泰山」。
