2009年11月18日，行政院"悄悄"公告修正「中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線」，以兩岸關係敏感特殊為由，僅列入台、澎、釣魚台列嶼、東沙及中沙等島嶼，而將金門及馬祖則留白處理，未公告領海基線。

1999年2月，公告「中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線」時，行政院首次公告領海基線時就未將金、馬納入領海基線。是否可以解讀國民黨不把金、馬視為領土，究其原因，則可能是延續著1945年蔣介石與美國簽署《中華民國與美利堅合眾國間共同防禦條約》中，第六條對於中華民國「領土」的定義，僅包括了台灣與澎湖，而未含括金門與馬祖這兩個「中國的領土」在內使然。

1994年，當時民進黨黨主席施明德，提出「金、馬撤軍論」，主張政府應該從金、馬撤軍，並設置「金、馬國際經貿自由區」，讓它成為兩岸的緩衝區，以戳破國民黨作為反攻大陸跳板的神話，讓台灣與中國變成實質上的兩個國家，當時這樣的主張引起了國民黨的強烈批判。

然而，時移勢轉，隨著國民黨逐漸傾中，連金門縣長李炷烽也在去年為了拼光觀建立「金廈生活圈」也拾人牙慧炒起「金、馬撤軍」冷飯。

如今，口口聲聲說要「捍衛中華民國主權」的馬英九和其政府，將金、馬的領海主權"退讓給"中國，那倒不如乾脆讓金、馬人民公投自決自己的歸屬，由住民自己決定是要留在中華民國內，還是要成為中華人民共和國的一部分，我想遠比現在這種領土歸中華民國，領海卻歸中華人民共和國的畸形現狀要好得多。