民國24年,在日本人的支持下,殷汝耕在通州成立冀東防共自治委員會,鼓吹華北自治、防共緩衝自治.11月,殷汝耕發動冀東事變,宣佈建立冀東防共自治政府,石友三任保安隊總司令,下轄兩個總隊,總隊長分別為張慶餘、張研田,但自治政府成立的次月,在石友三的默許、牽線下,兩張開始與駐平津之29軍暗中接觸,建立了默契.

民國26年7月7日,日軍砲轟廬溝橋,抗戰爆發,29軍以大刀、步鎗對抗日本人的飛機、大砲,以血肉捍衛山河,通州保安隊軍心浮動,為了安軍心,殷汝耕親至通州,安撫軍心,並要保安隊保證後方治安,做皇軍的後盾,此舉令保安隊士兵深深不滿.

26日,國民政府宣傳「廬溝橋29軍大敗日軍，中國軍隊已經陸續奪回豐台和廊坊，中央政府將陸續向華北派遣野戰軍，殲滅日軍指日可待。」的謠言，而事實正好相反。國民政府最後還宣稱「軍事會議決定， 蔣委員長命令附近的29軍大舉進攻冀東，血洗偽都通州，並血祭漢奸殷汝耕的決議」的決定。這個宣傳,令保安隊士氣大振,石友三也深受鼓舞.

同日,日軍轟炸機因分不清楚冀察和冀東的分界線，誤炸了靠近寶通寺軍營的冀東保安隊幹部訓練所，導致發生數名保安隊員死亡的事件。接到誤炸的報告後，細木特務機關長直接前往冀東防共自治政府向殷汝耕長官致歉，並親自前往現場視察，慰問死者家屬。次日28日，細木召集了保安隊教導總隊的幹部，解釋了誤炸的原因，並表示會處理善後.但保安隊巳決定動手...

29日,駐通州之日軍萱野聯隊,向南苑進軍,城內僅留下100多名的守備兵力,石友三趁機,向保安隊下達反正指令.3000多名的保安隊士兵,突擊長官公署,活捉了殷汝耕,趁日軍尚未發覺前,齊向北平前進,欲與29軍會合,一起抗日.但到了北平城前,發現29軍撤退,日軍已經進城...

石友三急令士兵退回通州,再做打算.但在通州城前,殷汝耕掙脫保安隊的控制,躲進了日本軍營...進退失據的石友三,下達了作戰命令:通州城中,所有的日本人,全是敵人,不分男女老少,全部加以殲滅,為死難的同胞報仇....所有的保安隊士兵,拿起了武器,向城中的日本守備隊、日本平民開火!日軍進行短暫的抵抗,很快就被殲滅,保安隊衝進日本人家中,見人就殺,放火燒屋,搶奪日人財物.駐北平之關東軍,見城中火光處處,一時不明狀況,不敢馳援...30日,殷汝耕逃抵北平,日軍方發覺是叛亂,立刻率兵前進通州.抵城時,保安隊早己撤離,只留下了滿地的日本人的屍骸.日人怒極,下令盡屠通州城以為報復,並派兵追擊保安隊....

此次事件,史稱通州保安隊起義事件或通州事件,日方稱之為通州慘案,或是通州大屠殺,死亡人數一直成謎.有資料稱被殺之日本僑民(包含朝鮮人)共兩萬多人,亦有200、500之說法.遠東軍法審判時日方稱包含軍人,共235人慘遭保安隊屠殺,但日軍因此在通州屠城三日,共達數萬百姓遭日軍殺害.冀東防共政府向日方道歉,賠償120萬日圓,殷汝耕遭日軍判刑三年,出獄後威信全無,而後梁鴻志的中華民國臨時政府成立,防共政府被併入了臨時政府之中...

民國26年9月,駐上海之第三戰區司令部接見一名身著日本軍服的士兵,該兵要求見 蔣介石委員長. 蔣介石親自接見,該兵取出一封信,面交 蔣介石.竟是石友三的親筆信!信中直書通州保安隊自起義後,遭日軍日夜追擊,犧牲慘重,但仍願報國殺敵,請委員長成全... 蔣介石閱畢,令該兵請石友三至司令部...石、蔣兩人一夕長談,石友三保證絕對效忠國家,永不再叛...蔣即令保安隊士兵加入第五軍戰列.

由於保安隊士兵全副日軍裝備,又全部會說日語,因此冒充增援之日軍部隊,混入日軍陣營.保安隊士兵趁夜在日軍陣地放火、襲擊,令日軍陣腳大亂,自相殘殺...而後回過神之日軍部隊,瘋狂反撲,保安隊士兵堅守陣地,奮勇作戰,傷亡慘重.

民國26年,9月,軍委會成立第六戰區,中央令馮玉祥為司令長官,卻引起韓的不快,因韓認為在山東就屬他人鎗充足,兵強馬壯.司令長官卻不是他,而是他看管多年的老長官,這口氣韓怎麼都吞不下去,遂有反志.八一三戰爭後,石友三將軍奉軍委會命令率保安隊殘兵退到山東整訓,受山東省主席、第三集團軍司令韓復榘節制.同年,軍委會下令將原通州保安隊擴充成第六十九軍,石友三升任軍長,成為韓最忌憚的人物,認為石是中央派來監視的人,因此對石有意的疏遠、制肘.

事實上,蔣讓但石帶六十九軍,確實也有自己的私心!六十九軍是原通州保安隊,起義之時在通州殺了不少無抵抗能力的日本平民,再加上到了上海,冒充日軍,混進日軍陣地,夜半偷襲,造成日軍嚴重的傷亡,令日軍非常痛恨這支部隊,石友三叛附無常,雖與蔣言明永不再叛,但始終是蔣不能放心的人物.因此讓石帶六十九軍,一方面讓石知道政府依舊信任他、重視他,另一方面帶著六十九軍,以日本人痛恨該軍的情況,石將永不再叛...

石友三當然知道 蔣介石的用心,但蔣願意讓他領軍與日本作戰,仍令他相當感激!因此儘管韓復榘對其冷落,但石受知 蔣介石,不願造成抗戰陣營分裂,故隱忍之.民國26年,9月,軍委會成立第六戰區,中央令馮玉祥為司令長官,卻引起韓的不快,因韓認為在山東就屬他人鎗充足,兵強馬壯.司令長官卻不是他,而是他看管多年的老長官,這口氣韓怎麼都吞不下去,遂有反志.關東軍特務機關長土肥原見有機可趁,秘密來到山東,以中立、保留地盤、保存實力...來勸說韓,要韓叛離中央,至少不與日軍作戰,日軍將會承認山東的特殊地位..令韓大為動心.

是夜,韓復榘召見了除石友三之外的第三路軍幹部,宣佈自己決定:對中日戰爭保持中立,日軍將不進攻山東....與會的軍官中惟孫桐萱持異議,但其它的幹部、軍官卻未表示意見,令韓認為第三路軍的官兵依舊是向著他的,更加深了其保持中立的決心...這塲會議很快地馮玉祥便得知消息,馮立刻通報中央.中央除命令第五戰區部隊提高戒備外,為了不想讓日軍破壞抗戰陣營的團結,必須加強韓復榘對政府的向心力.因此,蔣發表韓復榘為第六戰區副司令長官,所部擴編為第三集團軍,又發大洋五十萬來慰勞韓部.但也秘令第六十九軍準備應變,若韓不服軍令,便由石來加以討伐.日軍部隊抵達;中日部隊隔磚河對歭,馮玉祥想趁日軍立足未穩加以打擊,但因韓部未積極配合,以致失敗.

10月,日軍渡過磚河,突破國軍陣地,韓部立刻撤退,造成國軍陣地大亂,潰不成軍.5日,戰區司令部立刻沿平漢路轉進.馮玉祥同時令吳青旺持其親筆函要求韓堅持立塲.但韓得到了日軍的保證,認為只要保持中立,即可與日軍合治山東省,自己依舊是山東王, 蔣介石絕不敢動他!於是他下令給作戰中的孫桐萱及石友三部,令其隨軍撤退.孫部遵令隨軍部一起撤退,石友三則隨即下令所部,一面向魯南轉進,打日軍的游擊,另一面緊急密電武昌軍事委員會,向中央報告韓復榘不戰而退之事.

26年12月26日,日軍渡過黃河,進攻濟南,韓復榘一方面想保存實力,做為與日軍談判的本錢,另一方面想藉此提升在政府的地位,竟不戰而退,27日,日軍佔領濟南, 蔣介石大怒,致電韓復榘告之攻濟南之日軍並非主力部隊,且日軍機動部隊在山區運動困難,應將主戰兵力部署至泰安、臨沂,萬勿使倭寇垂手而定全魯.但韓置之不理,令孫桐萱的第三集團軍在大汶口短暫抵抗後,即藉口没有預備隊,全軍撤至泰安,李宗仁致電韓,謂之「兄治魯七載,對魯省錦繡河山,馴良人民,戀戀之情,較弟為甚,務請兄於運河線竭力支援,固守汶濟」. 蔣介石更電令死守,但韓依舊置若罔聞,撤至曹縣、單縣.韓復榘的不戰而退,不僅讓六戰區部隊防線全面崩潰,也因使津浦路門戶洞開,徐州更在日軍的砲火威脅之下.

27年一月開封會議,蔣逮捕了韓復榘,並令石友三部於魯南休整,伺機作戰,五月,中央明令石友三為第十軍團軍團長,復成為蘇魯戰區的機動打擊兵力.蘇魯戰區在副總司令沈鴻烈率領之下,不僅打擊日軍勢力,亦嚴打新四軍.沈副總司令因西安事變,認定中共讓東北軍揹了黑鍋,同時新四軍、八路軍不遵戰區命令,肆意擴張勢力,甚至攻擊友軍,令沈極為不滿,再加上沈亦認為共產黨教義比日本勢力危害中國更大，於是亦嚴打越界之新四軍、八路軍.他喊出的口號是:「寧匪化，勿赤化；寧亡與日，勿亡與共；日可以不抗，共不可不打」在其壓制下,新四軍、八路軍無法在蘇魯戰區生存.12月,石因戰功升任冀察戰區副司令長官、第三十九集團軍總司令及察哈爾省主席.

石在冀察戰區任內,除積極打壓共黨及與日軍作戰外,更重要的,是積極協助三青團與偽治安軍的聯繫.由於治安軍幹部大多出身西北軍,彼此都有交情.因此很快地,石便與治安軍有了合作的默契,石軍出擊,會避開治安軍,直接攻擊日本軍,而治安軍亦會提供石日軍情報,讓石避實擊虛,多次重創日軍,令日軍損失慘重.

同時,在三青團河北省主任、河北民軍總指揮張蔭梧的請求下,石友三替治安軍及三青團牽線,雙方同意合作,在太行山開闢安全通道,讓河北、山西人.....等華北諸省的青年百姓,能在青年團的帶領下,由治安軍及國軍掩護,進入國軍區域,前進大後方.同時,國軍情報人員亦可通過此管道,將所獲得的日軍情報,傳遞大後方....由於雙方的合作無間,激起中共的嫉恨,中共開始造謠石友三與日本合謀.令石遭受極大的壓力.

民國29年,中共將國民黨部隊指控為頑軍並發動攻擊,石友三部之孫良誠、高樹勛部亦遭共軍攻擊,令石大為不滿,只是石不知道,高早已是中共地下黨,作戰僅為掩人耳目...石將中共在戰區活動情況,告知了軍事委員會.4月,軍委會下令,全力討伐八路軍!但此時石友三已經生病,但仍奉令集結部隊,攻擊八路軍劉伯承部.在其嚴厲打擊下,八路軍紛紛潰退.待打進清源時,共軍劉伯承部組織民眾,歡迎石軍入城,並貼大字報:歡迎民族英雄石友三、我們永遠接受石總司令領導...

石友三為此卸下了對共軍提防,劉伯承並重申一切都是誤會,會將部隊撤回原防地.殊不知....中共正在調集軍隊!石友三得到共軍保證,引兵返回.此時,中共援軍已到,大字報亦換成了聲討大漢奸石友三、石友三是人民公敵....未幾,在高樹勛暗中協助下,共軍突擊了石友三部隊,造成石軍崩潰.此時日偽軍亦全力出動,準備一舉擊滅石友三部,但在治安軍的幫助下,石軍仍突破了日共軍的包圍,退進了魯南山區.中共乃趁機大造其謠,謂其已與支那駐屯軍佐佐木中將達成合作協議、石友三賣國求榮....種種污蔑,造成石病情加劇數度吐血,並電軍委會表明心迹,軍委會電令其固守待援.

12月,在中共的唆使下,高樹勛、孫良誠謀殺、活埋了石友三,高並自任三十九集團軍代總司令,共軍亦撤圍.雖說石之死,高向中央謊報其吐血病死,但仍令 蔣介石心生疑慮,質疑其死因不單純,但因無證據,只得先令戰區將其厚葬.民國30年,高赴重慶開會,為軍统局密捕嚴審,高口風甚緊,堅稱石乃病死,令蔣無可奈何,只得放人...中共建政之後,中共乃造謠謂石之死為蔣密令誘捕活埋.

石友三一生帶兵嚴厲,素有閻王之稱,且自律甚嚴,雖倒戈不斷、反覆無常.但在抗日戰爭中,堅持民族氣節,與日寇、共黨奮戰不己,為日本所敬重,中共所嫉恨.死後卻還被造謠為漢奸,真令人惋惜不己...而國府不查,以病死了結,亦有可議之處,只能說,石將軍死非其所,可悲、可歎!