方濟既然熱愛耶穌，陶醉於耶穌裡，當然也熱愛耶穌的淨配教會。聖保祿比喻耶穌是頭，教會是身體，那麼愛頭的自然也連帶着愛頭的身體；與教會同感就是和基督同感。但是教會除了無形的要素，也有有形的組織，這是耶穌所制定的教會機體，把我們為肢體的人和我們的頭基督連在一起，於是給我們通傳了他的生命。這機體就是天主的子民：神職人員、教宗、主教、神父、會士和教民。所以具體地說：一位教友愛教會就是關心教會、孝愛神職人員。

方濟在遺囑裡說：「主賞賜我，使我對按照羅馬教會規章生活的司鐸們擁有絕大的信德，因着他們的神品，即使他們窘難我，我仍願投奔他們。……只有他們能把聖體送給別人。」可見方濟之所以愛神父，是因為他們與聖體聖事的關係外，也是因為他們是天主聖寵的分施人，是基督第二。正如方濟所說的：「在他們身上我辨別出來的是天主聖子」。因此方濟回頭以前就信賴神父、尊重司鐸，回頭以後更是這樣，他說：「天主委派我們作神父們拯救人靈的助手，讓我們補足他們最悅主心的事……你們必須服從他們，你們要遮掩他們的過失，彌補他們的缺陷；在完成這事之後，更要謙遜。」

方濟也特別尊敬主教。例如：當方濟被父親告到法庭時，方濟只願接受主教法庭的斷案。他每到一座城，本來可用教宗所給的特權自由講道；但是他卻為了尊重主教，先拜訪主教主人，謙心求得主教許可以後，才出外講道。方濟並常勸子弟們說：「上主要我們扶持羅馬教會的信仰和神職人員的使命，因此我們要竭力敬愛他們。我剛一回頭就去找亞西西的主教，請他在事奉天主的路上指教我。又因為我想到教會神長的尊位，我不但敬愛主教，同時也願尊重所有神父，作我的主人。」

至於對羅馬聖座，方濟更以兒女孝愛的情懷全心信賴。例如方濟一有十一位弟子，就立刻說：讓我們朝見我們的母親─羅馬教會，好能得到他的許可，祝福和恩賜。結果教宗依諾森三世鼓勵他們說：「這的確是支持天主教會的人」。方濟即刻當眾許願教宗，按會規服從教宗。以後因為教宗太忙，就請若望樞機指揮我們修會，若望死後方濟求教宗任命胡高林樞機為本會的父親和監護人。以後方濟為使修會永遠效忠羅馬教宗，就在他的會規第十二章裡這樣認真的規定說：「最後，我以服從的名義，命令各位總會長請求教宗派定一位羅馬教會的樞機，充任本會的管理人、監護人和糾正人，使我們能永遠服從教會，並擁有堅決的公教信仰」。

耶穌：求禰教我們了解禰所創立的教會，不是一個像其他人為的社團，而是由神和人共同組織的神聖團體；耶穌是頭，聖神是靈魂，所有教宗、主教和司鐸，以忘我的精神繼續耶穌的使命，為教會的肢體─天主的子民服務，就像方濟在遺囑裡說的「我們應當尊敬他們，就像他們是把神和生命傳給我們的人一樣」。主耶穌，求禰讓我們學習方濟能以感激之心，敬愛獻身於我們的神職人員。並以信德精神，擁護關懷我們的慈母聖教會。阿們。