日本殖民臺灣和清朝統治最大的不同在於使用現代科學的方法，開發自然資源以調查研究先行，臺灣廣袤的山地蘊含的資源是殖民政府極想了解利用的，居住於山地的原住民對外人並非全然順從開放，造成研究上的困難。日本想以臺灣這一個殖民地的建設成果作為和歐美列強比肩的證明，邁向強國的憧憬吸引年輕人投入，有一群日本人接續的探索臺灣山地這片外人未知的土地，為臺灣的人類學和博物學建立豐富的成果。

光緒21年（1895）臺灣割讓給日本，當時都是20餘歲年輕人的森丑之助和伊能嘉矩、鳥居龍藏在這兩年之間先後來到臺灣，懷抱著能將人類學調查貢獻於殖民地統治的抱負，展開對異民族社會人類學的田野調查。鹿野忠雄在日治的後期到臺灣，讀高校時就熱衷於探險採集，深入山林。

鳥居龍藏是四人中待在臺灣時間最短的，展現驚人的工作效率，他的第一次調查歷時半年，範圍在海岸山脈兩側，報告中說已經調查了「有黥蕃」、「阿眉蕃」、「知本蕃」、「平埔蕃」、「加禮宛蕃」；約當是東部的太魯閣族、阿美族、卑南族、西拉雅族、噶瑪蘭族。可能因為是最早進行同類的調查，初始的工作難在沒有前人的成果參考，卻可迅速累積大量資料。

結束第三次調查後，鳥居在「臺灣東南部の人類學的探險」文中說：「前後三次調查的結果，方才明瞭漢人所謂的『後山之生蕃』到底是怎麼一回事。而這回調查的結果，略得明瞭，臺灣東南部有何種蕃族，和關於他們人類學上的各種事項，以及他們與其他種族間的異同等問題，進而明瞭了他們與紅頭嶼土人的比較關係。臺灣的蕃界，尤其是東部蕃界，其艱險一如其所得名之為Darkest Formosa，但我得倖免於許多大難，而費了大量的金錢，能夠到臺灣三次，因而得投一點光明於臺灣東部及紅頭嶼這種黑暗地域。」

孫大川在「面對人類學家的心情--『鳥居龍藏特展』罪言」一文中計算鳥居龍藏四次來臺的時間，總共約26個月，鳥居在第四次來臺調查後宣稱：「這次調查一完，我所計畫的臺灣番族的人類學調查，便告結束了。」因此孫大川認為：「大家仔細計算一下他四次來臺調查的時間，再考慮一下當時臺灣地區，尤其是東部山地地區的交通狀況，我們實在無法接受他竟能將自己的臺灣『番族』人類學調查工作就這樣『宣告結束』；因為從一個原住民的立場來看，這只是一種博物學式對動、植物的分類研究，而不是對待一個人、一個民族、一個文化的態度。」

森丑之助對臺灣蕃地的高度熱情，自學各族族語，學習植物學的知識和人類學的調查方法，可不需軍警保護進入山地，奮不顧身的採集標本，以森氏（morii）為名的二十多種臺灣高山植物即是他留下的豐碑，如：森氏杜鵑、森氏山柳菊、森氏佛甲草、森氏當歸、森氏柳、森氏紅淡比、森氏唐松草、森氏豬殃殃、森氏蕁麻、森氏菊、森氏薊、森氏苔、森氏櫟、森氏鐵線蓮、森氏鐵蕨、森氏毛莨、森氏古綿草等等；此外還有拉丁學名有morii而中文沒有冠上「森氏」的植物，例如：粗毛懸鉤子（Rubus morii Hayata）、玉山耳蕨（Polystichun morii Hayata）等。

森丑之助在「浪人氣質」一文中自述：「我國領有臺灣的頭一年，未及成年的我跟隨陸軍渡臺，兵馬倥傯間不覺已近歲暮。次年一月起，因為公務到蕃地調查，不知不覺中感染了『蕃界趣味』。後來逐漸增加全島蕃地的調查行動，隨著調查的進展，發出的疑問越來越多，調查行動也就漫無節制的延續下去。當時，我為了自己的志趣，不惜傾注私財，從事危險的蕃地與蕃人調查，這是我一生中最感快意的一件事……想到我自己已耗費全部的青春歲月，多次出入於生死之境，馳騁於白雲去來的蕃社群中，最後奇蹟似的活到今天，回想起來，不禁充滿幸福的感覺。」

當時的植物學家矢佐木舜一說：「從明治39年至42年的三年期間，（森氏）勤奮工作幾乎到了廢寢忘食的程度。殖產局所累積的高海拔地帶植物標本，幾乎全是森氏冒險採集回來的。」馬淵東一在「關於高砂族的社會人類學」（1953）文中提到：「森氏的《臺灣蕃族志》，是有關高山族社會生活的諸多寶貴記載，然而從整體而言，它並非偏重於習慣法的研究，實為包括了體質研究在內的廣義的人類學著作。據聞，森氏對於泰雅族、賽德克、布農等族特別熟識，若果他在生時能如願地完成《臺灣蕃族志》十卷及《臺灣蕃族圖譜》十卷的刊行，對於學術界必有莫大的裨益，可惜他早逝。」宮本延人對森丑之助的評語：「今日臺灣高山族的研究，實建立於臨時臺灣舊慣調查會的成績，以及森丑之助、伊能嘉矩等人的功勞之上。」

目前臺灣原住民的分類體系源自於伊能嘉矩，他認為生蕃與熟蕃是政治性的分類，不是學術研究的結果。他將臺灣原住民分為「四群八族十一部」，八族為泰雅族、阿美族、布農族、曹族、賽夏族、排灣族、漂馬族、平埔族，平埔族再細分為十個族群。以這個分類作為濫觴，其後的的學者及官方文書只就不同的分類標準做修正而已。

鹿野忠雄是個停不下來的人，以他高中時期為例，是所聽聞過最精采的高中生活。大正14年（1925）錄取臺北高校，成為臺北高校第一屆的學生，昭和4年（1929）3月畢業。第一年就去烏來、陽明山及雪山西北側的霞喀羅做昆蟲採集。昭和元年（1926）放春假後不上課跑到布農族卡社群、卓社群及鄒族達邦社的範圍、玉山、八仙山、恆春排灣族的龜仔角社，由羅東沿蘭陽溪上至思源埡口，西出大甲溪源頭到雪山東側、雪山，還愛上一位泰雅族女子。昭和2年（1927）他去了福山、拉拉山、大武山附近的排灣族部落、鵝鑾鼻、海岸山脈，從花蓮走能高越嶺道路到霧社，梨山接大甲溪警備道出谷關，8月到紅頭嶼。昭和3年（1928）要畢業時，校方發現他三年來出席上課的時間不到三分之一（一年不到），也沒參加期末考試，打算開除他，幸虧校長三澤糾將處分改成留級，才使他豐富的高中生活不致悲劇收場，他成為第一屆臺北高校學生中唯一的留級生。留級的鹿野忠雄再接再厲，攀登卓社大山、能高山、奇萊山、中央尖山、南湖大山、合歡群峰、畢祿山。昭和4年（1929），雖然上課日數仍未達到校方要求的標準，三澤校長認為鹿野已提出多篇論文，並自習希臘文和拉丁文，認為栽培這樣的學生才算教育，准他畢業。確定能畢業後，3月就去了北大武，再去屏東霧台魯凱族阿禮社調查。