在法院裁定國務機要費案仍然繼續審理之後，陳水扁總統日前又「補核定」國務機要費相關證卷為「絕對機密」，並「永久保密」。顯示陳水扁不僅想讓國務機要費審不下去，而且還要使一干人犯全部脫罪，一旦如其所願，非但陳水扁的貪腐一族可以逍遙法外，今後所有的總統也都可以貪贓枉法，無所忌憚。

自從國務機要費案被起訴以來，律師團就極盡拖延之能事，吳淑珍出庭一次後便請假到底，其他被告也多半不配合，陳水扁更親自介入，先是聲請釋憲，繼而又以「有造成國家安全危險之虞」為由，要求將全部相關單據「歸還總統本人」，但法院只同意「不公開」，卻裁定還是要繼續審理。

如今，陳水扁乾脆將國務機要費相關證卷資料、發票，甚至是他和吳淑珍的筆錄等重要證據，核定為永久不得公開的絕對機密。換言之，檢察官偵查所得的所有犯罪證據，在法官審理時即無法使用，相干人犯當然就沒有一個能夠定罪！如此釜底抽薪的手段，不可謂不厲害，但既違法，也有違情理。

首先，國家機密保護法第五條明白規定，核定國家機密，不得基於「為隱藏違法或行政疏失」，或「為掩飾特定人之不名譽行為」，或「為拒絕或延遲提供應公開之政府資訊」。陳水扁現在要「補核定」為「絕對機密」的相關單據，恰好都符合這三項要件，也就是既有「違法或行政疏失」的事實，也屬於「應公開之政府資訊」，更足以構成陳水扁的「不名譽行為」；所以陳水扁根本就不得核定。

其次，釋字第六二七號解釋雖然認定總統在訴訟進行程序中，可以將系爭資訊改核定為國家機密，但仍要「依法」為之，也就是仍須照國家機密保護法的規定。依該法第十二條，「涉及國家安全情報來源或管道之國家機密，應永久保密」，可是，所謂「南線工作」已經證明全係虛構，被指為情報來源的龔金源更證實，其本人與妻子「從未拿過國務機要費，做任何南線及大陸情蒐等工作」，如果按照陳水扁的話來辦，這些謊言豈不是要列為永久保密？更不用說，像嬰兒牀、玩具、和內褲等發票，難道也都是絕對機密嗎？

更重要的是，按照我國憲法規定，總統除犯內亂或外患罪外，非經罷免或解職，不受刑事上之訴究，亦即總統在任內犯法雖有赦免權，卸任之後還是要受刑事上之訴究。可是，現在陳水扁這麼一來，今後所有的總統都可以放心大膽的作姦犯科，為所欲為。因為，任何不利於總統的證據，總統都可以將其核定為永久保密的國家機密，既無法追查，總統自然也就不會有罪！試想，如果美國總統有此特權，還會爆發「水門案件」嗎？

總之，國務機要費的偵訊及憑證資料，早已公諸於世，原先既未被界定為機密，檢辯雙方都已取得，中外媒體更公開報導，即使確是國家機密，也早已喪失了秘密性，如果會有妨害國家安全之虞，必然早已發生！顯而易見，陳水扁的動作，只不過是做賊心虛，害怕這些憑證將來會成為定罪的依據，所以在一審判決之前，除了營造法官有政黨色彩，預為將來攻擊審判不公舖路，也設法讓證物無法發揮作用，如此機關算盡，說穿了完全只是為他自己脫罪。