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基督教的《聖經》中，上帝就曾經告誡信徒對引誘他們改信別的神的異端者不可姑息、不可憐恤，而要將他治死。耶穌曾經威脅要把不服從者扔在火裡燒了。使徒彼得也曾詛咒使人陷入異端的假師傅自取速速的滅亡。中世紀歐洲的羅馬教會視一切不合乎聖經的東西為異端」。為了撲滅異端，不惜使用一切手段，包括暴力鎮壓。
異端包括不同於羅馬正統教派的言行和思想包括：阿摩利派、聖靈兄弟姊妹會、使徒兄弟會、自由神信徒會；有人文主義者、新教徒、作家、學者和自然科學家；有被迫改宗基督教的猶太人和摩爾人；有各國的民族精英和愛國者、進步思想家、科學家；有所謂「巫師」和「巫女」、包括部分新思想及科學。
十字軍東征：1095年11月28日年夏烏爾班二世在在法國南部的克勒芒召開了宗教會議。會上，教皇發表了歷史上極有煽動性的著名演說"以父為名"，號召逐鹿爭雄的西歐各君主王侯們停止"私戰"，到東方去同異教徒鬥爭，奪回被突厥人佔領的聖地，並說，突厥人已在東方"上帝的國度中大肆蹂躪"，"一切等級的人"都必須"迅速起來"，"將這個邪惡的種族從我們兄弟的土地上消滅乾淨"，否則被"卑賤的、退化的、給魔鬼作奴隸的種族"征服了，那將是"怎樣的奇恥大辱呵"!教皇呼籲與會者"登上聖墓的征途"，並許願說:"凡動身前往的人，假如在旅途中--陸上和海上--或在反異教徒的戰爭中喪失了性命，他們的罪愆即將在那一頃間獲得赦免"。
第一次十字軍在佔領了聖地耶路撒冷後，進行了空前的血洗。十字軍一個指揮官寫給教皇的信裡說，他騎馬走過屍體狼藉的地方，血染馬腿到膝。寺院、宮殿和民間的金銀財物被搶劫一空，許許多多的古代藝術珍品被毀。《耶路撒冷史》記載說，十字軍佔領該城後，不分男女老幼實行了慘絕人寰的30天大屠殺。「勇士們」為了掠取黃金，剖開死人的肚皮到腸胃裡去找。後來，因死人太多，乾脆把死人堆架起來燒成灰燼，再在屍灰裡扒尋黃金。
聖女貞德：法國人的民族英雄，被宗教裁判所以異端和女巫罪判處她火刑，於1431年5月30日在法國魯昂當眾處死。20年後英格蘭軍隊被徹底逐出法國時，貞德年老的母親說服教宗卡利克斯特三世重新審判貞德的案子，最終於1456年為她平反。500年後被梵蒂岡封聖。
聖殿騎士團：聖殿騎士團(法語:Ordre du Temple)，全名"基督和所羅門聖殿的貧苦騎士團"，是中世紀天主教的軍事組織，乃著名的三大騎士團之一。其成員稱為"聖殿騎士"，特徵是白色長袍繪上紅色十字。1307年，其眾多成員在法國被捕，殘酷審訊後以異端罪名處以火刑。1314年3月22日的黃昏，雅克‧德‧莫萊【聖殿騎士團第二十三任、亦為最後一任大團長】被綁上火刑架，用火慢慢燒死，他在上火刑架之前，詛咒法王腓力四世和教宗克雷芒五世。
1484年，羅馬教皇英諾森八世頒布敕令：「（女巫們）絕不可被饒恕，她們十惡不赦、荒淫無恥。」隨後，他發動所有的神職人員參與到鎮壓女巫的行動中去。1480年前後開始延續到1780年的「獵巫」風潮，席捲歐洲差不多 300，致使無數無辜良家婦女葬身火海
1889年6月9日，近代科學興起的先驅者喬爾丹諾‧布魯諾因宣傳日心說，被羅馬教會燒死在羅馬鮮花廣場中央。
塞爾維特（Michael Servetus，1511～1553）西班牙醫生，文藝復興時代的自然科學家，肺循環的發現者。於 1553年被被羅馬教會燒死在日內瓦的火刑柱上。
1327年，意大利天文學家采科‧達斯科裡活活被燒死，
1633年6月22，被稱為「近代科學之父」「現代觀測天文學之父」 、「現代物理學之父」、「科學之父」 及「現代科學之父」伽利略，在聖瑪麗亞修女院的大廳上由10名樞機主教聯席宣判，主要罪名是違背「1616年禁令」和聖經教義。判處伽利略終身監禁。
阿爾比派:中世紀西歐反對正統基督教的一個派別，是純潔派的一支，阿爾比派信仰宇宙間有善惡兩神，善神創造靈魂，惡神創造肉身，靈魂受肉身束縛，兩神不斷進行鬥爭，地上的一切都是魔鬼的產物。阿爾比派否認正統天主教的三位一體、聖禮和煉獄等說法，把教皇斥為魔鬼，宣稱要打倒羅馬教會，因此被教會定為異端。教皇英諾森三世先用和平勸化的手段，最後在1209年組織十字軍鎮壓阿爾比派。十字軍侵入圖盧茲，大肆燒殺劫掠。這次討伐持續4年,阿爾比派被鎮壓，在十字軍的鎮壓下，阿爾比派轉入地下,14世紀逐漸消亡。
歷史學家威爾斯說：教會的職責本是誘導，而選擇了強迫。教會在無法以理服人，無法說服異端者的情形下，越來越相信必須用火與劍來對付異端。
正是在討伐阿爾比派異端的戰爭中，羅馬教廷終於意識到，異端像冤魂一樣隨時隨地糾纏著教會，但是教會不可能保持一支常備的十字軍。必須有一種系統的制度，有一個能夠嚴密監視並追究不論何時何地冒出來的異端的強有力機構。於是，教皇正式激活了建立擁有專門任命的法官來追究、審訊並判決異端的機構——宗教裁判所。一一九八年，英諾森三世當上教皇后立即建立了偵查和迫害異端的委員會。一二一五年，英諾森三世召集的第四次拉特蘭公會議通過了向異端鬥爭的決定，嚴詞責成世俗和教會當局必須履行鎮壓異端的義務，否則就有逐出教門、剝奪領地或教職的危險。
11世紀下半葉羅馬天主教會的權利達到了歷史上從未有過的高度，教皇成了居於西歐諸王之上的主宰教會權與王權的強勢人物，西歐各國一切重大事務都必須得到教皇的同意。格里戈利七世就曾經宣佈「教皇有權廢黜皇帝」；英諾森三世更以「萬王之王、萬主之主」自居，宣佈「教權是太陽，君權是月亮」，君王只有虔誠地侍奉教皇，才有權統治，把教皇的權力推到頂峰。
十三世紀下半葉起，西歐各國普遍建立起了宗教裁判所。
宗教裁判所的發展主要經歷了這樣三個階段：
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中世紀宗教裁判所。
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西班牙宗教裁判所，隸屬於西班牙王室，成立於1478年。
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羅馬宗教裁判所，即今日聖座信理部（Congregatio pro Doctrina Fidei）前身，成立於1542年。
宗教裁判所建立在地方主教區，初期由主教掌握。1231年教皇格里高利九世發表《絕罰通論》（Excommunicamus）來譴責異端，並想到新的措施來對付異端，在德國、法國北部、郎格多克以及意大利都設立了異端裁判所。而受派去異端裁判所的審判員大多都是多明我會的修士。於是教宗格里高利九世在13世紀30年代發佈通諭，建立直屬教宗管轄宗教裁判所。
1252年，教宗依諾增爵四世進一步批准宗教裁判所可以在審訊用刑。可用刑罰包括沒收全部財產、鞭笞、監禁、終身監禁，不撤銷自己異端思想的下場是火刑。但宗教裁判所並不直接宣佈和執行死刑，而是宣佈將他開除教籍，並「釋放」他們，交給世俗政權，也就是由世俗政權執行火刑。
宗教裁判所向來以嚴酷的刑罰而聞名：
火刑柱，將「異端」活活燒死的火刑是極端慘烈的，而且連死者的骨灰都不允許保留，教會以此來表示對「異端」的徹底消滅。
拉架：用於多次警告仍不認罪的新教徒，看起來就像是：捆緊手腳往相反的方向拉你的身體，直到你的四肢慢慢地從關節連接處脫出來。
邪教尖叉是一個酷刑裝置，用於拒不承認天主教信仰的新教徒。此刑具兩頭帶尖叉的金屬棒，由一條皮帶固定在頸部，一頭插入下頦，另一頭直指胸骨。只有伸長頸部，才會減少痛苦，此刑具會造成巨大的痛苦。四個叉點位於下頦和胸骨之間的設計，會讓受刑人有足夠運動幅度讓他的嘴開口招供。神職人員對於叛教徒或者一些犯下褻瀆之罪的受刑者使用的刑具。
用碎頭機執行死刑通常是這樣的：牙齒擠入牙槽內，周邊顎骨破碎。然後眼睛從眼窩射出，腦漿從耳朵噴出來。夾喉刺：用於脫離天主教信仰者。
邪靈牢籠：神職人員會給一些拒不加入天主教信仰的受刑者帶上此刑具，讓所有人看到其「醜陋」的模樣，並認為不承認天主教權威的信徒是「邪靈」。
宗教裁判所的殘暴，「它使歐洲的土地上灑滿了人的鮮血；他把活生生的人體投入火中，用它們架起的悲慘的柴堆，在那裡，燒焦的骨骼啪啪作響，顫動的內臟受到煎熬，從人類軀體冒出的黑煙中傳出嘶啞的、不成聲的哭泣」
