全球糧食價格飆漲，加上國內糧食自給率低，凸顯我國休耕政策長期存在的缺失。農委會每年編列超過百億預算，鼓勵休耕與轉作活化農田兩相矛盾政策。台大農經系教授陸雲認為，台灣農業在政策缺乏方向、政府思考模式僵化等因素下，逐步失去競爭力。

民國八十六年推動「水旱田利用調整計畫」，以稻田休耕為政策重點，近七年休耕面積皆超過廿萬公頃。民國九十三年休耕面積甚至達廿四萬公頃，超過當年稻作面積廿三點七萬公頃紀錄。

隨著休耕面積居高不下，稻作面積則逐年「縮水」，由民國七十二年轉作政策實施前的六十四點六萬公頃，逐步下降到去年僅剩廿四點三萬公頃。

巨幅成長的進口雜糧，顯示台灣農業生產資源配置拉警報。早年為稻田轉作與稻米減產所推行的休耕政策，長年衍生諸多問題。陸雲指出，農委會以休耕給付措施鼓勵稻米減產，而保價收購措施卻對稻米增產具正面作用，兩者造成龐大財政支出，卻無法調整農業長期生產結構。民國七十三年政府鼓勵休耕之後的廿五年間，休耕稻田累積約達兩百四十三點八萬公頃，相關產業的經濟損失粗估超過六百億元。

政府耗費巨資補助休耕，糧食更加仰賴進口，大量進口養成國民飲食西化的「胃口」，過去國內可自給自足的產業逐步消逝，惡性循環的結果，使得我國農產品更依賴進口糧食，對於提高糧食自給率造成阻力。

綠色陣線協會執行長吳東傑指出，休耕導致農村勞動力崩盤，台灣農業生產系統瓦解。過去雲林、北港、嘉義為台灣主要雜糧作物產地，政府鼓勵休耕，當國內種植成本提高，又面對國外低價沙拉油傾銷，導致年輕一代逐漸習慣西方食物，飲食西化又改變經濟生產方式，農村形態改頭換面。