許多論者都會同意，馬總統就職兩年以來影響最大的兩項政策，一是五都改制，二是行政院組織改造。如果馬總統對民間意見有些了解就會發現，這兩項政策也是遭致批評最多的。

    　新劃五都的人口量占掉台灣總人口六○％，倉卒改制之後使原本的地方選戰演變成總統大選的前哨戰，也堅實化了大台南與大高雄的黨派優勢結構；除了政治實力重組，人民福祉並未有任何提升。五都忙改制又逼得地方政府急著找財源，進而牽動《財劃法》與《公債法》的慌亂修改。整體而言，地制改變後諸多狀況都不在當初預期內，顯示出倉卒改制善後之困難。無論如何，五都之事木已成舟難以挽回；但對如今箭在弦上的行政院組織改造，我們就不得不呼籲謹慎行事了。

    　這一次的行政院組織改造規模超級大，二級部會由卅七個縮減為廿九個，三級機關則由二百七十九個大幅砍減為七十個。單純從改變幅度來看，這樣的縮編可說是「有魄力」。但是在此我們卻要給馬政府澆些冷水：組織改造的目的是要提升政府效率、增進人民福祉，而不是「為縮編而縮編」。

    　進一步言，即便行政組織改造已經有了法源，可以在二○一二年「動工」，但也不表示要匆匆忙忙在二○一二年元月「完工」。新版《行政院組織法》最後一條只是說明新法得以在後年元月一日「開始施行」，但並未要求所有組織整併都要在同一時間完成。我們具體的建議是：慢慢來，仔細討論溝通，先改制全無爭議的部會（如國防部），而有爭議的部份則大可逐年分項推動，事緩則圓。

    　依新聞報導，行政院要求各機關在六、七月間統一提出機關組織法或組織條例草案，我們期期以為不可。一旦各機關組織法草案提出，則局處編制、人員結構等都已經九成定案，後續調整彈性就相當狹小。既然新組織只要求「開始施行日」而沒有統一完成日，那麼行政院又何必自我設限改制時間呢？

    　目前媒體聽到的部會反彈聲音已經不小，包括國科會改為科技部後其原本數百名優秀聘用人員的出路、經濟部改制經濟能源部後使得能源政策「產業化」的不安、兩百多位局處首長的出路可能被貶抑、公共工程會與營造公會的廣泛爭議在改制後會如何發展、文建會擴編為文化部究竟有什麼實質意義的擴張、二百八十個局處縮減四分之三各部會爭奪慘烈、部會合併後是否合署辦公、場地是否足夠及民眾洽公是否要奔走各窗口等。這一切雜瑣事例加總起來，其複雜度不可勝計。我們幾可斷言：如果二○一二年元月一整掛部會要同時改制，其紛亂是必然，其秩序才是例外。

    　容我們在此先危言聳聽地提出警告；不論馬總統在穩定兩岸關係、ＥＣＦＡ經濟拓展、國際組織加入等方面獲收多少成果，真正影響二○一二總統大選的關鍵因素，恐怕都與前述功績無關。行政院改制後部會機關間磨合的衝突、部分公務員改制後權益的受損、組織改造後原本機關效率與傳統的喪失，卻很可能是二○一二年的爭議焦點。

    　這一切的埋怨，到時候都有個共通的宣洩口：是國民黨馬政府害的。由於政府改造效率之利要三、五年之後才可能看到，但其弊害卻在一、兩個月內就會呈現、擴大、被炒作，甚至影響二○一二總統大選，故其處理當然就要格外謹慎。

    　任何熟悉政治運作的人都了解，越是老舊的單位其文化墮性越強，要在其中執行改造也就越困難。主政者不能自以為動機良善，就以魯陽之戈瞎揮瞎砍，弄得天昏地黑、民怨蜂起之後，很可能一事無成卻使人民蒙受其害。地方制度法倉卒修改後的亂象，已經是給宅男政治人物一記扎實的教訓。希望在行政院組織法這件事情上，府院千萬不要再自陷於難以挽回之境。

    　馬總統當然想連任，吳敦義也希望更上層樓，但若組織改造後只是民怨蜂起，既達不到改造的效果，又賠上了政治人物的前途，無論如何都是不划算的。政治改革需要謹慎，大政治改革更要極度謹慎。吳院長是政壇老江湖了，希望能體會我們用心良苦的呼籲。