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對付疾病 見林不只見樹
2011/08/11 09:12:50瀏覽161|回應0|推薦0

對付疾病 見林不只見樹

作者:駐美國台北經濟文化代表處科技組 現職:駐美國台北經濟文化代表處科技組
文章來源:BioTechniques 2011年7月5日,http://www.biotechniques.com/
發佈時間:2011.08.06
分子生物學進展快速,加上相關技術的開發助長了這個領域的研究。瞭解個體間基因序列差異性的研究,不但對族群遺傳學、演化學的研究相當重要,在利用連鎖不平衡進行複雜性遺傳疾病的相關性研究上也扮演重要的角色。在人類序列之變異(human sequence variation)研究中,「單一核苷酸多型性」(single nucleotide polymorphism, SNP)最讓人感興趣。由於SNP是最常見之人類序列變異,且SNP之偵測已可自動化,再加上SNP在人類DNA中之分佈極為普遍,現已被廣泛研究。藉由比較各人之間的SNP之差異,我們可以研究藥物對不同個體可能造成的生理生化反應,或者針對單基因遺傳性疾病進行全基因體搜尋,對多基因遺傳性疾病進行已知染色體位置之關聯研究以及全基因體搜尋。

但是,一些複雜的疾病如癌症、糖尿病、和老年癡呆症並不是由單一基因變異引起的。一種新的全基因組關聯研究(genome-wide association study, GWAS)的方法被發展出來,可以確認並分析整個與該疾病有關的途徑,而非僅是單一核苷酸多型性。這個新方法是由國家癌症中心(National Cancer Institute)的研究人員Rosemary Braun和Kenneth Buetow發展的,稱之為「途徑區分分析」(Pathways of Distinction Analysis, PoDA)。這個方法使用GWAS數據和已知途徑──基因和基因─—SNP關聯,可以找出能區分疾病和健康對照組的途徑。藉著同步分析數個途徑,可以觀測到類似的SNPs聚集在距離上和等位基因的分佈。PoDA的好處在於它不像其它的基因分析方法需要靠單一SNP途徑關聯。一般的單一基因GWAS方法的困難在於在找出造成複雜的疾病的基因,因為這些疾病是由基因與環境互相作用引起的。PoDA建基於早先的技術選取一組SNPs然後計算相對距離。PoDA涉及繁複的計算因此需要找尋更有效率和效能的方式。由於癌症之類的疾病的複雜性,針對體系性的處理,而非單一基因變異是未來生物醫藥的走向。

結果發表於《PLoS Genet》2011年6月9日網路版,〈Pathways of distinction analysis: a new technique for multi-SNP analysis of GWAS data〉。
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引用
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