財團法人附設醫院繳交房屋稅「一國兩制」。慈濟綜合醫院新店分院自九十五年至今年，年年向北縣稅捐處聲請以「屬慈善救濟事業」為由主張免徵房屋稅遭拒，向縣府訴願又遭駁回；三峽恩主公醫院也遭同樣被課稅命運。

慈濟是主張免徵九十四至九十七年房屋稅，共七千三百五十一萬餘元；恩主公則要求免補徵九十二至九十六年房屋稅，共二千五百六十七萬餘元。雙雙遭北縣府駁回。

不過，高等行政法院與各縣市政府的見解又不一樣。慈濟醫院分別向北、中、南高等行法院訴訟救濟。今年六、七月間，高雄、台中及台北高等行政法院陸續撤銷嘉義縣、台中縣及花蓮縣政府向慈濟醫院課徵一千兩百萬、兩百五十四萬、七百萬元房屋稅案，認為慈濟應免徵房屋稅。

慈濟、恩主公醫院都認為被課稅很不公平。他們指出，依房屋稅條例第十五條第一項第二款，私立慈善救濟事業不以營利為目的，完成法人登記者，直接供事業使用的自有房屋免房屋稅；而馬偕、耕莘等十五家宗教團體法人醫院享免稅，為何他們不可以？

台北縣財政局長江美桃、北縣訴願會主委陳坤榮認為，宗教醫院與其他醫院相同，依健保規定向民眾收費、也向健保局申請費用，收費不比一般醫院便宜，都屬健保醫院，不應視為「慈善救濟事業」得享免稅，應該統統都課稅。

但北縣稅捐處、訴願會都強調，慈濟與三峽恩主公醫院不能免除房屋稅，與醫療法實施時間有關；該法實施前成立的醫療財團法人，才能享免房屋稅。

北縣府曾就慈濟及三峽恩主公案請示財政部，財政部今年四月函釋廿五縣市稅捐機關及內政部、衛生署，再度解釋了目前准依房屋稅條例相關規定免徵房屋稅適用的對象，仍只有馬偕、耕莘等十五家宗教團體法人附設醫院。