臺灣總督府（日語：台湾総督府〔臺灣總督府〕／たいわんそうとくふ ^{Taiwan Sōtokufu} ）是臺灣日治時期的最高統治機關，設於1895年，其首長是臺灣總督。其組織特色為「總督專制」，由臺灣總督總攬行政、立法、司法等大權。不管1896年發布的《六三法》及後來1906年《三一法》或1921年《法三號》，臺灣日治時期的地方政體皆採委任立法制度，總督府為當然之中央機關。而一般政策形成過程，通常是由總督府內的技術官僚制定法律政策後，即授權臺灣總督以「總督府令」命總督府各級單位、所轄官署或地方政府執行政策。也因此，總督府轄下機關，尤其是地方行政機關的政策實行深具人治色彩，所有行政官員皆只以執行法律及管理行政為主要事務，各級地方行政機關缺乏自主。另外，地方行政基層係以警察為中心，除了一般治安維護業務外，舉凡政治思想、結婚生子、戶口管理，還有鴉片管理、公共衛生、徵收稅金、物資分配、地政調查等等，統統都是警察的業務。

臺灣總督府的辦公處所位於臺北州臺北市文武町一丁目，即現在的總統府。該建物自1912年6月1日開工，歷時8年興建，於1919年3月完工，耗費281萬日圓，現今已列為國定古蹟。該建物完工前，臺灣總督府是使用清代原布政使司衙門西側籌防局為辦公處所。

臺灣總督府印

臺灣總督府啟用於1919年

日治時期的第一段時期，自1895年5月的乙未戰爭起，一直到1915年的西來庵事件為止。在此約二十年內，以台灣總督府與日軍為主的日方統治，遭遇臺民的抵抗。除犧牲慘重外，也遭致國際社會的嘲笑，因此曾經在1897年的國會中，出現「是否要將台灣以一億元賣給法國」的言論，稱為「台灣賣卻論」。在這種情況下，著重於鎮壓的日本當權者對於台灣總督的人選，都以授階中將或上將的武官來擔任。

初期武官總督時代

首任台灣總督樺山資紀(任期1895年5月10日－1896年6月1日),1872年12月日本因琉球船難漂流民遭台灣原住民殺害對台出兵（牡丹社事件）之際，曾多次前往宜蘭等地區偵查當地情況。1873年（明治6年） 5月為全權特使成員，參與締結日清條約中關於牡丹社事件的談判。清國割讓台灣後，樺山資紀積極向日本總理伊藤博文爭取，1895年5月10日被任命為台灣總督，5月29日搭乘橫濱丸抵基隆外海，6月5日將艦上的臨時總督府遷至基隆的稅關（海關衙門）內（現今的復興館）。6月14日籌劃將清國台灣省巡撫衙門改為台灣總督府，並於6月17日在數百名文武官員、英國德國領事及台灣士紳80餘名觀禮下，舉行始政大典。1896年3月31日，經10個月的全島軍事討伐後，台灣總督府條例及民政局官制公布。4月1日，軍政接管轉移為民政政治，台灣實行台北縣、台中縣、台南縣及澎湖島廳之三縣一廳制。司法事務由臨時軍事法庭，改由地方法院、覆審法院、高等法院的司法三院制度。1896年台灣總督府地方官制公佈同時，於全島三縣一廳內設立撫墾署，掌管原住民事務;5月23日，開設叭哩沙、大科嵌、五指山、南庄、大湖、東勢角、林圮埔、埔里社、蕃薯寮、恆春、台東11個撫墾署,6月卸任。

第2任臺灣總督桂太郎(任期1896年6月2日－1896年10月14日)，任職期間發生雲林大屠殺事件(1896年6月20日至23日集結重兵，把村莊皆稱做匪窖全加以焚燬，事件七天中，四處無人性的報復屠殺，婦女幼兒也在殘殺之列，縱火民房4925戶，使日本政府被國際媒體抨擊。)。1900年創立台灣協會學校（日語：たいわんきょうかいがっこう）是一所自1900年到1904年由台灣協會為了培養開拓殖民地台灣的人才而創辦的高等教育學校,拓殖大學的前身。

第3任臺灣總督乃木希典(任期1896年10月14日－1898年2月),擔任台灣總督期間對台灣人民的鎮壓與政治的腐敗，並批評乃木希典「政治無能」。乃木在臺灣總督任內總督府的財政主要靠鴉片專賣，然而蔡焜燦《台灣人與日本精神》一書，卻說明乃木希典極力匡正官吏的風氣，本身以身作則，甚為清廉節儉；同時也極力禁止日本人對台灣人民施虐或進行不公平交易的行為。對於乃木希典能力與作為的爭論，至今仍然持續。

直到1898年2月日本明治政府任命素有日本陸軍瑰寶之稱的兒玉源太郎中將為第4任總督(任期1898年2月26日－1906年4月1日)，並派才幹卓越的政治家後藤新平醫師擔任民政長官以為輔佐，從此採取軟硬兼施的政策治理台灣。加上日本於1902年年底大抵肅清台灣抗日運動勢力之後，成員全為日人；且毋須遵守日本法律的台灣總督府之對台統治權才就此建立起來。而日方這種軟硬兼施的殖民地政策，一般稱為特別統治主義。

第5任臺灣總督佐久間左馬太(任期1906年4月11日－1915年4月30日),曾於1874年以中佐的官位攻打牡丹社事件，1886年晉升為大將。日本統治台灣以後，台灣全島的漢人抗日活動在一段時間後逐漸趨於平息，日本政府遂將目光轉向處理原住民（抗日）事務，並且決定採用武力的手段來對付原住民。因為佐久間曾經參與對原住民作戰的牡丹社事件，日本遂決定啟用他擔任總督。佐久間在任內不斷地對原住民用兵，其有名的「五年理蕃計畫」，以北討泰雅族，南撫布農族為原則，一方面以「以蕃制蕃」外，也發動所謂的「剿蕃戰役」（約160多次），對原住民實施「殺光、搶光、燒光」的「三光政策」。當處理原住民事務告一段落之後，隨即卸下總督職務，並於3個月後以71歲高齡去世。任內發生林圯埔事件（1912年3月23日）、土庫事件（1912年6月），被稱為「鐵血總督」，是台灣總督中在任最久的一位。獎勵移民，在花蓮港廳設「吉野村」（今吉安鄉）、「豐田村」（今壽豐鄉豐田村）、「林田村」（今鳳林鎮南平里）；設置台北市主要街道的下水道，普及郵政、電信事業。佐久間到台灣當總督之前，就曾參加過1874年著名的石門之役，然其最有名莫過於「太魯閣戰爭」（1914年），率軍約2萬人親征，總部就設於石門山山下。

日本統治台灣之初就存在著殖民地統治策略的兩條路線之爭。第一條路線就是後藤新平所代表的特別統治主義，但他同時也醉心於德國式科學殖民主義。後藤新平認為，從生物學的觀點，同化殖民地人民既不可能也不可行，因此主張效法英國殖民統治方式，將台灣等新附領土視為真正的殖民地，亦即分離於內地之外的帝國屬地，不適用內地法律，必須以獨立、特殊方式統治。後藤認為應當要先對台灣的舊有風俗進行調查，再針對問題提出應對政策。這個原則被稱為「生物學原則」，同時也確立了以漸進同化為主的統治方針。

相對於特別統治主義的殖民地路線，則是由原敬所代表的內地延長主義。受到法國殖民思想影響的原敬，相信人種文化與地域相近的台灣和朝鮮是有可能同化於日本的，因此主張將新附領土視為「雖與內地有稍許不同，但仍為內地之一部」，直接適用本國法律。

從1896年到1918年，擔任民政長官的後藤新平所持的特別統治主義主導了台灣的政策。在這段時間內，台灣總督於「〈六三法〉、〈三一法〉」的授權下，享有所謂「特別律令權」，集行政、立法、司法與軍事大權於一身。而握有絕對權力的台灣總督，除了有效壓制武裝抗日運動之外，也嚴密控制住整個台灣社會（包括治安在內）。

根據後藤新平引述官方統計，僅在1898—1902四年間，總督府殺戮的台灣「土匪」人數為11950人;日本佔領台灣前八年，共有三萬二千人被日方殺害，超過當時總人口百分之一。

*日治第二時期同化（內地延長主義）(1915年5月1日－1937年）