王安石雖辭任宰相，神宗卻未有完全放棄變法。元豐三年 (1080 年)，神宗親自領頭改革官制。可惜五年後，神宗病逝 (年僅三十六歲)，「元豐改制」無疾而終。

宋哲宗趙煦 (神宗第六子) 繼位，只有九歲，太皇太后高氏臨朝。高氏即宣仁太后，她曾流涕對神宗說：「安石亂天下」，其對變法沒好感，可想而知。果然，高氏任用司馬光為相，「凡熙寧以來政事弗便者，次第罷之」(《宋史．后妃傳》)。變法派人物如蔡確、章惇、呂惠卿、曾布等，全被迫害貶黜，史稱「元祐更化」，舊黨得勢。

王安石變法有致命缺陷，不過，它亦不是一無是處。蘇軾批評司馬光「專欲變熙寧之法，不復較量利害，參用所長」(《東坡奏議集》)，指「昔之君子，惟荊 (王安石) 是師；今之君子，惟溫 (司馬光) 是隨。所隨不同，其為隨一也」(＜與楊元素書＞)，他當年倒是反對新法最激烈者。

司馬光與蘇軾政見不合，再跟二程相對立。洛蜀朔三派鬥爭，結果是朝綱不振，政風日壞。元祐九年 (1094 年)，高氏病逝，哲宗親政。哲宗有意恢復新法，重新起用章惇等，追貶司馬光，並貶謫蘇軾、蘇轍等。年號「紹聖」，「紹」是繼承的意思，「聖」指先父神宗皇帝。

章惇為相，極力控制反對新法的言論，新舊黨爭得不到妥善解決，反而被激化。

哲宗在位十五年病逝 (二十三歲)，無子。章惇先後建議立申王趙佖 (年長但有眼疾)、簡王趙似 (哲宗同母弟)，遭向太后拒絕。向太后傾向擁立端王趙佶 (神宗十一子) 為帝，章惇反對：「端王輕佻，不可以君天下」(《續資治通鑑》)，未能成功。端王趙佶即宋徽宗。

宋徽宗重用宰相蔡京，推行新法。崇寧四年 (1105 年)，蔡京主張把元祐年間反對王安石新法的司馬光、文彥博、呂公著、蘇轍、蘇軾等三百零九人，列為元祐奸黨，立碑於端禮門 (後來遍及全國)，稱「元祐黨籍碑」。碑上有名者及其子孫永遠不得為官，皇家子女亦不得與其後代通婚。元祐諸君子多為道德人格高尚者，「元祐黨籍碑」的設立，變相斥逐忠良。北宋不久亡於金兵之手。

宋室南渡後，孝宗晚年有意革新，以周必大為右相，留正為參知政事兼同知樞密院事。二人都與理學家 (吸取了王安石心術不正的教訓，強調心性之學) 親近，而跟職業官僚集團 (以王淮為首，祟尚「安靜」無為) 針鋒相對。孝宗成為太上皇，繼任的光宗寵信姜特立。「王黨」與姜特立勾結，反攻「周黨」，結果周必大罷相。

周必大招誘大批理學家進入中央。趙汝愚 (趙元佐七世孫，為趙宋宗室，孝宗內禪後才擢用的宰相) 與趙彥逾、韓侂冑、葉適、徐誼、郭杲等發動政變，迫光宗禪位予其子寧宗 (史稱「紹熙內禪」)。事成，趙汝愚引薦朱熹等入朝參政，希望整頓朝綱。

外戚韓侂胄 (韓琦曾孫，寧宗韓皇后之叔父) 擔心趙汝愚結黨，建立政治力量，威脅自己，遂於慶元元年 (1195 年) 借台諫奏劾趙。趙汝愚被罷官外調，朱熹、彭龜年等攻擊韓作威作福，遭貶逐。趙汝愚未幾自殺，韓侂胄加開府儀同三司，斥道學 (理學) 為偽學，加以禁止，指趙汝愚為偽學罪首，朱熹等人五十九人為「偽學逆黨」，史稱「慶元黨禁」。直至寧宗嘉泰二年 (1202 年)，黨禁方廢弛 (詳細可參余英時《朱熹的歷史世界》下冊)。