寡糖的作用機理在於不被人體消化系統所分解、吸收，而專司供應給大腸內的比福多菌，藉以增殖這種有益菌以達腸道健康的目的。

由於它是一種甜味料，並非化學藥劑，沒有任何負面作用。更由於它最後到達位置乃排泄系統的末端，若攝取量過多的話（超過比福多菌需要量），很快的就能排出體外，因此量的要求並不需要很嚴謹，攝取量只要超過機體最低作用量即可，而過量的話除了造成糞便過軟之外，並無其它害處。

至於是否會有習慣性的問題，說明如下：

所謂習慣性指的應該是『癮』的問題，亦即不吃會有不適或強烈想吃的慾望的現象，因此不由得不吃，比如說：香煙、酒、毒品等。

        寡糖沒有習慣性問題，但是因為寡糖是比福多菌唯一的養分來源，若沒有寡糖的供應，比福多菌的數量將因得不到養料供應而逐漸減少，因此，建議寡糖的攝取應保持常態性。