原住民族傳統文化和現今法律常有抵觸的爭議點發生，原住民為了捍衛固有的傳統精神，不惜走上街頭表達訴求，希望政府或司法單位尊重原民文化，司法體系則於今年1月設立9處「原住民族專業法庭」作為回應，但族人仍持觀察態度。

部分法界人士則認為，在既有的架構下，把當事人是原住民的案件，分給原住民法庭，形式上似乎很重視原住民，實際上，原住民未必因而得到更合理的對待。例如一件單純的交通事故，因當事人是原住民，就到原住民法庭審理，往下的審理過程，卻一般交通事故無異，原住民也未必能得到更好的對待，讓人不解，「何需特別設置原住民法庭？」

原住民族最常觸碰法律層面的爭議，就是在認知的傳統領域上從事狩獵、伐木及土地等問題，其中最具代表性的如97年台東知本卡地布部落卑南族大獵祭活動時，因劃定獵場鄰近知本國家森林遊樂區，開槍引來森警追捕，族人簽署陳情連署書及透過多方管道表達抗議，各族群紛紛聲援。

另一個爭議案例是新竹縣尖石鄉司馬庫斯部落3位族人，在94年颱風之後將1棵風倒櫸木殘枝運回部落，遭林務局控告違反森林法，一審被判有罪，高院二審仍判處3人有罪。

此外，爭議最多的就是土地問題。原住民族有遷移而居的習慣，但國民政府來台後限制原住民遷移自由，原民土地使用權漸漸被剝奪，產生一連串和國家爭土地的抗爭活動。

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