自唐高宗、顯慶五年起，唐高宗常因頭風病無法視事，便由皇后武則天代理朝政。到了弘道元年十二月唐高宗過世時，雖然太子李顯能於唐高宗靈柩前即位為唐中宗，但軍政大事仍決於皇太后—天后武則天之手。

光宅元年二月，唐中宗有意親政而著手佈置自己的人馬時，就被武則天廢了帝位貶為廬陵王並軟禁於房州。武則天改立四子豫王李旦為唐睿宗，但仍由武則天親自臨朝稱制，自然引起忠於李唐的臣子們不滿而紛紛起兵反武，但都被武則天派兵討平。

在這段期間，狄仁傑對於武則天臨朝稱制有什麼反應與動作，《新、舊唐書》中都沒有提及。不過可以肯定的是，武則天極為信任狄仁傑，並於垂拱二年命狄仁傑兼任寧州（今雲南省大部分地區）刺史，負責前往安撫當地的少數民族以及漢族之間的關係。由於當地本就是各小族混雜居處之地，彼此間經常就可能為了一點小事而大動干戈，於是狄仁傑相當謹慎的調和各族之間的關係，讓各族對內或對外都能相安無事，人民安居樂業之餘，就對這位能幹的刺史非常的歡迎與信任。當狄仁傑的任期已滿要離任回朝時，寧州各郡的百姓都集資立碑紀念，頌揚狄仁傑在當地的政績。

狄仁傑回朝不久之後便調升為冬官侍郎（工部侍郎），並兼任江南巡撫使。

狄仁杰南下巡視，發現吳、楚一帶由於民間舊有習俗的緣故，各地假借各種神的名目且未經官方許可而私自濫設祠堂的情形很嚴重。這種私設祠堂大多不是為了祭拜神明而設，而是假神之名誆騙信眾財物甚至行騙色之事，歷朝歷代都有針對這種不良的私設祠堂做出清理禁止的行動。

狄仁傑在清查完畢後，下令只保留官方認可祭祀夏禹、吳太伯（西周朝（春秋）時，吳國第一代君主，姬姓，吳氏，名泰伯，一作太伯）、季札（吳王壽夢的小兒子，姬姓，名札）、伍員（伍子胥）的四座祠堂，其餘一千七百餘座（《獨異志》少了五百座，只有一千二百餘座）私設祠堂一律燒毀，大大的減輕了當地民眾要供奉這些祠堂的負擔。

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改編自 《舊唐書》／《新唐書》／《獨異志》

原文：

《舊唐書》．卷八十九．列傳第三十九．狄仁傑 族曾孫兼謨

狄仁傑字懷英，并州太原人也。

……

俄轉寧州刺史，撫和戎夏，人得歡心，郡人勒碑頌德。

御史郭翰巡察隴右，所至多所按劾，及入寧州境內，耆老歌刺史德美者盈路。翰旣授館，召州吏謂之曰：

「入其境，其政可知也。願成使君之美，無為久留。」

州人方散。

翰薦名於朝，徵為冬官侍郎，充江南巡撫使。吳、楚之俗多淫祠，仁傑奏毀一千七百所，唯留夏禹、吳太伯、季札、伍員四祠。

《新唐書》．卷一百十五．列傳第四十．狄仁傑、子:光嗣、族孫:兼謨

狄仁傑，字懷英，並州太原人。

……

出為甯州刺史，撫和戎落，得其歡心，郡人勒碑以頌。

入拜冬官侍郎、持節江南巡撫使。吳、楚俗多淫祠，仁傑一禁止，凡毀千七百房，止留夏禹、吳太伯、季劄、伍員四祠而已。

《獨異志》．卷下／

唐狄仁傑為安撫使，除去淫祠一千二百所。