馬英九特別費案出現了新的爭議。辯方比對證人吳麗洳的偵訊筆錄和偵訊錄音，發現在關鍵問題上有極大出入，因而指偵辦檢察官侯寬仁筆錄造假，入人於罪。
辯方的指控等於否認了筆錄的證據能力，檢方若仍主張採用證人吳麗洳偵查中的筆錄為證據，即須證明筆錄內容與錄音相符。因此，事情的真相只能由審理法官當庭勘驗錄音與筆錄，以明是非，並決定如何解決爭議。
然而，由辯方整理的錄音文字和筆錄比對看來，二者內容可謂天差地別，筆錄所示的證人證詞是馬英九施行詐術取款，錄音內容則是證人根本沒有說過這樣的話；此筆錄及錄音之差異若經法院勘驗屬實，則偵辦檢察官侯寬仁必須承擔法律責任，無可逃逭。
刑法第一百二十五條規定，有追訴犯罪職務之公務員，明知為無罪之人而使其受追訴或處罰，要處一年以上、七年以下有期徒刑。然而，法律雖然這樣規定，但要證明承辦人員「明知」為無罪之人，那是難上加難。這就是為什麼檢察官起訴案件常有嚴重背離常識的情況，但卻未有檢察官以本條罪名判刑的原因。然而，本案若侯寬仁扭曲證人的證詞到了如此不可思議的程度，則其是否已符合「明知」的要件，恐怕即有斟酌的餘地，至少侯寬仁必須接受調查，給社會一個合理的交代。
侯寬仁或檢方就此事件的說詞有二：第一，證人是看過筆錄才簽名的，如果筆錄的內容與其意思不同，為何會簽名？第二，筆錄只記載要點，不會記全文，辯方若聽完全部錄音即知未扭曲證詞。但稍有實務經驗者都知道，這兩點說明其實是檢察官慣用的手法，不足為憑；否則，刑事訴訟法就不會明文規定，證人在偵查中向檢察官的陳述，於顯有不可信之情況時，不能採為證據。證人筆錄與錄音內容不符，當然就是顯有不可信的情況。
更進一步說，依通常實務經驗，被告在陳述完畢後，較會詳看筆錄內容（比率其實也不高），而證人在證述完畢後，會要求詳看筆錄者，則是少見。所以，檢察官以證人已簽名來支持其筆錄記載的說法，乃是矯飾之詞。再者，檢察官指稱筆錄只記要點云云；但無論如何，所記要點總不能與證人陳述的意旨相反。若謂只記要點的結果是：證人說「我完全不記得了」，改成「是的」；證人說「不清楚」，改成「是沒錯」，這還能算是合法偵訊筆錄嗎？再說，侯寬仁如今辯稱證人是以點頭回應，但豈有明明口中說「忘記了」卻點頭，明明口中說「不清楚」也點頭的道理？
法務部頒行的「檢察機關辦理貪汙案件應行注意事項」的第十九點規定：「對被告的自白、證人的陳述，應注意其陳述是否完整，有無矛盾之處，並蒐集補強證據，以察其是否與事實相符。」依此規定，對照辯方提出的侯寬仁偵訊錄音整理全文，則侯寬仁不但屢屢打斷證人陳述，又不載明關鍵證詞的全文，甚至自問自答，擅將證人的意思作顛倒是非的更改；如此作為，侯寬仁是否違法應負刑責姑且不論，其違反辦案原則已無可爭議，至少應受行政懲處。因此，只要法院勘驗錄音的結果與辯方整理全文的結果相同，法務部就須對侯寬仁行政責任的部分先做出處分，再研議有無刑責。
侯寬仁偵辦馬英九特別費案，一開始就拒絕南檢統一見解的要求，堅持先結案起訴，造成南北檢方見解不一，辦案出現不公平，可謂已經闖出大禍；如今，竟又出現證人筆錄內容與錄音截然不同的爭議，更有羅織成罪之嫌。種種異常情況，使人不能不產生辦案有特殊政治動機的懷疑。事到如今，在法院勘驗結果出爐後，若證實辯方所言不虛，檢方上級必須就侯寬仁的責任作出明快處置，以挽救檢方信譽。
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