華航成立於民國四十八年，是空軍情報署長衣復恩在蔣經國指示下成立，成員全部是軍職暫調，飛機也是空軍撥出。當時中華民國的Flag Carrier還是美國中情局幕後操縱的民航空運公司（CAT），掌控了國內外航線。華航初期只能飛些包機與部分國內航線，民國五十年代，為了配合反共戰爭的國家需要，也為公司的生存，華航前進到寮國與越南，承包美方的運補任務。由於任務危險性高，一共損失十四架飛機與四十九名機員。靠著這種玩命的日子，逐步累積下資本，逐漸購置新機、開闢航線。另一方面，CAT因為五十二年的臺中空難與五十七年的林口空難，在國內形象大傷，加上美方逐步退出越南戰場，終於結束營業，華航正式成為國內第一大航空公司，也是唯一可以經營國際航線的甲級航空業者。
所以早年的華航是空軍的外圍組織，等於「軍營企業」，高階的主管幾乎都是空軍將領退役轉任。在公司成長的過程當中，當然政府不斷給予扶助，例如早期中南半島時代「借」飛機給華航，又如後來政府低利貸款讓華航採購飛機，還有不允許其他國籍業者飛國際線，以及規定軍公教人員公務旅行必須搭華航等等....不過，除開草創期軍方的「物資支援」外，政府真的沒有投資一毛錢給華航。
隨著華航在政府扶植下規模越來越大，但是在名義上，公司的股份還是掛在二十八位當初掛名的空軍轉任人員身上，政府與華航開始憂慮，一旦股東去世，他們的子女如果真的把股權據為己有，那可就沒輒。因此在七十七年，由烏鉞（前空軍總司令、華航董事長）領銜，所有股東將持股捐出，成立了「財團法人中華航空事業發展基金會」（外界簡稱「航發會」或「華航基金會」），成為華航的唯一股東（隨著多年釋股，現在還有近七成）。
航發會制度的設計出自陳長文的手筆，一方面是避免華航原本的「人頭制」被股東據為私有，另一方面也將華航視為「準公營企業」，因此航發會章程規定，董監事中有相當比例係邀請主管官員、航空學者擔任。如此一來，華航也逐步由空軍的外圍單位，變為交通部的外圍單位。另外，當時的政策設定，還是只讓華航一家公司飛航國際線，因此把華航設定成這種由非營利性法人主導的體制。甚至於在航發會的章程裡，就寫明基金會除了經營中華航空公司外，宗旨是扶持中華民國的航空事業。
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