蔣介石下達「六六停戰令」的同時，告知杜聿明不可能再派任何軍隊出關。

林彪則要求毛澤東命令關內共軍立即向國民政府統治地區發起全面進攻，以使國民政府無力再向關外增兵。林彪亟需半年時間獲取蘇聯軍援，擴軍經武，鞏固根據地。

華北、華東共軍立即向國統區展開大規模攻勢；與此同時，國民政府亦制定了將共產黨武裝驅逐至隴海路以北的戰略方針，以確保南京之安全，“臥榻之側，豈容他人酣睡”。

1946年5月15日，國民革命軍第38軍副軍長孔從周率該軍第17師、55師于豫西鞏義投共，該軍原為楊虎城舊部，時任軍長為張耀明；

1946年6月，國民政府成立徐州、鄭州兩綏靖公署，由薛岳、劉峙兩位二級上將分別擔任綏署主任。鄭州綏署負責消滅豫鄂兩省交界地區的李先念中原軍區共軍，並負責打通平漢路北段；徐州綏署負責將江蘇、安徽兩省共軍驅逐至山東。

此時關內共軍主要有：

1、蕭克冀熱遼野戰軍；

2、聶榮臻晉察冀野戰軍；

3、賀龍晉綏野戰軍；

4、陳賡太嶽野戰軍；

5、劉伯承晉冀魯豫野戰軍；

6、彭德懷陝甘寧兵團；

7、陳毅山東野戰軍；

8、粟裕蘇中蘇北野戰軍；

9、李先念中原軍區。

其中聶榮臻、劉伯承、陳毅所部及關外林彪野戰軍實力較強，各部都在20萬人以上；其餘共軍兵力則都在10萬人以下。

就在國共雙方在關內大打出手的同時，1946年7月11日，馬歇爾推薦燕京大學校長司徒雷登出任美國駐中國大使，期望這個“中國通”能創造奇跡，為中國帶來和平。此前，在3月初馬歇爾曾推薦魏德邁出任駐華大使，魏氏很願意出任此職，杜魯門也很贊同；但在7月初，即將正式公佈前夜，馬歇爾接受了中共的意見，否決了此項任命。這導致魏德邁將軍對馬歇爾的人格和政治立場產生極大質疑。

劉峙對中原李先念共軍的進攻，基本獲得成功；但打通平漢路的戰事，卻讓劉峙丟掉了烏紗帽。

1946年9月初，第10軍于魯西南定陶被劉鄧共軍殲滅，軍長趙錫田被俘；劉峙隨即被解除綏署主任職務，由陸軍總司令顧祝同二級上將接替劉峙指揮。

在安徽，由桂系的第7軍、第48軍和邱清泉第5軍及74軍58師南北對進，負責打通津浦路南段；陳毅率二十萬山東共軍南下增援，然而卻在1946年8月上旬的泗縣戰役中被張淦第7軍擊敗。該戰役成為毛澤東對陳毅戰役能力產生質疑的開端。

抗戰勝利時，桂系軍隊有華中的李品仙第21集團軍第7、48、84三個軍七個師，廣西的夏威第16集團軍第46軍三個師。國共內戰爆發時，兩集團軍總司令部已裁撤，第84軍全軍裁撤，第48軍整編為兩旅四團的乙種師，第46軍整編為三旅六團的甲種師，整編第7軍中途內戰全面爆發，第7軍因而未完成整編；

抗戰勝利時的第7軍軍長為徐啟明，第7軍是第一支進入南京城的國民革命軍；但因事先未征得軍委會同意，破壞了軍委會安排廖耀湘新六軍接受南京的部署，徐啟明被撤職轉任第八綏靖區參謀長，原第21集團軍參謀長鐘紀升任第7軍軍長；

原第四戰區副司令長官兼第16集團軍總司令夏威（加上將銜）調任第八綏靖區司令官；原第十戰區司令長官兼第21集團軍總司令兼安徽省主席李品仙（加上將銜）改任安徽省主席兼徐州綏署副主任；

邱清泉第5軍1946年上半年因駐守雲南，因而未整編，5月北上投入國共內戰時仍為三師九團；但第200師11月才調離雲南北上歸建。

1946年6月底，第一綏靖區司令官李默庵奉命率五個半軍掃蕩蘇中地區，以保障江南之安全；但李默庵的作戰部署被參謀次長劉斐、總參謀部辦公廳副廳長郭汝瑰通報給中共；戰至8月下旬，一切動向皆在中共掌握之中的李默庵部被粟裕共軍各個擊破，中共稱為“蘇中七戰七捷”。

李默庵隨即被撤職，由京滬衛戍司令長官湯恩伯接任第一綏靖區司令官。該戰役的另一重大傷害，就是原本將開赴日本作為駐日佔領軍的整編67師（原榮譽第2師）損失了近1/3，成為中國政府最終取消向日本派軍的導火索。

趁山東共軍主力南下兩淮，山東省綏靖總指揮王耀武以駐濰坊的李彌第8軍為軸心，展開打通膠濟路全線之戰事。至10月10日，以成功打通膠濟線（青島至濟南）之戰功，黃埔三期的王耀武晉升山東省主席，成為黃埔學生出任省主席的第一人。惟96軍暫12師師長趙保原在膠濟路東段戰事中於膠州兵敗自盡。

1946年9月10日，薛岳令鐘紀第7軍、張靈甫第74軍發動兩淮戰役，目標奪取中共江蘇省首府淮陰；戰至22日，淮陰、淮安均被國軍佔領。兩淮戰役後，陳毅被剝奪戰場指揮權，山東野戰軍與蘇中蘇北野戰軍合併，由粟裕統一實際指揮。

注：蔣介石在六六停戰令後，確曾向杜聿明表示不會再派任何軍隊出關。但實際上在6月16日，蔣介石令闕漢騫54軍在南京上船海運東北，途經青島，因陳毅共軍襲擊青島，而青島當時並無國軍正規軍駐守，因此54軍於6月20日轉而在青島登陸。其後參加打通膠濟路東段之戰事。