花蓮和臺東的原住民多信仰基督教，為方便信徒禮拜而建立教堂，因有不同的教會系統，一個部落裡可能有不只一座的教堂，最常見的是天主教會與基督教長老會教堂，僅次於前二者的是真耶穌教會教堂。
真耶穌教會是中國人建立的基督教派，受到使徒信心會和神召會靈恩運動的影響，民國6年（1917）於北京創立，初期的重要人物為張靈生（彬）、張巴拿巴（殿舉）、魏保羅（恩波），魏保羅不靠外國人的金錢和力量傳教的主張，順應當時人民民族意識覺醒的潮流，加上他憑信心、靠禱告治病的主張受到貧民和罹有疑難病患者的歡迎，創立教會不到10年便傳遍中國各地，並傳到國外。
真耶穌教會在日據時期傳入臺灣，起因於幾位臺灣青年在福建漳州加入真耶穌教會，並商議回臺灣傳道，大正15年（1926）3月7日他們在彰化線西塭仔村舉行第一次佈道會；10日在十五張犁第一次施浸就有62人信道，成立了線西教會（後改稱伸港教會），之後到嘉義朴子牛挑灣辦理佈道會及施浸，成立牛挑灣教會（後合併朴子教會）。4月成立清水教會，傳教之初在40天內即在臺灣南部設立三處教會，百餘人成為信徒。
真耶穌教會傳入花東的過程，依據真耶穌教會臺灣總會網站資料所述：「1939年，花蓮縣秀林鄉富世村的田三多（太魯閣族），因患嚴重肺結核病被公立醫院宣告無法醫治後，由花蓮教會吳石連介紹信主受浸，而得起死回生，乃將真道傳播於該族山地各村；雖受到日本警察的迫害，仍採潛行的方法繼續工作；直至光復後始得信仰自由。光復當初，由溪湖教會阮錢杉向台東縣太麻里鄉美和村阿美族證道。後來因信徒不參加豐年祭的跳舞及狂飲等壞習慣，並為革除迷信等問題，曾引起同族的全面迫害，但信徒們卻以忍耐和善行來感化同族棄惡從善。以後教會遍立於台東縣各地，成為全省教會數最多的一縣。光復當初，經花蓮縣山里教會姊妹包百合將福音傳入宜蘭縣南澳村後，曾由村田豐道、楊約翰前往佈道，而遭村民毆打驅逐；也發生過女信徒福田靜子被警察毆打殉道事。尚有信徒20多人被迫逃往花蓮縣富世村避難，延至1951年始得信仰自由並建築會堂。現在花東兩縣已成立教會及祈禱所77處。」
真耶穌教會在花蓮、臺東的教會和祈禱所如下：
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教會名稱
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區
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小區
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縣
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鄉鎮
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村里
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備註
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克來寶教會
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東北區
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花北小區
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花蓮
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秀林
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和平
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崇德教會
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東北區
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花北小區
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花蓮
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秀林
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崇德
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富世教會
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東北區
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花北小區
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花蓮
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秀林
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富世
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三棧教會
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東北區
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花北小區
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花蓮
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秀林
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景美
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加灣祈禱所
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東北區
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花北小區
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花蓮
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秀林
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景美
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南華教會
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東北區
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花北小區
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花蓮
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吉安
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南華
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銅門教會
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東北區
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花北小區
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花蓮
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秀林
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銅門
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銅光教會
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東北區
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花北小區
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花蓮
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秀林
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銅門
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北埔教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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新城
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北埔
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花蓮教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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花蓮
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國魂
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德安教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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花蓮
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主權
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月眉教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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壽豐
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月眉
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平和教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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壽豐
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平和
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豐坪教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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壽豐
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豐坪
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鹽寮祈禱所
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東北區
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花中小區
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花蓮
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壽豐
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鹽寮
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芳寮教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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壽豐
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鹽寮
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磯崎教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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豐濱
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磯崎
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新社教會
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東北區
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花中小區
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花蓮
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豐濱
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新社
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西林教會
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東北區
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花南小區
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花蓮
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萬榮
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西林
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南富教會
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東北區
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花南小區
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花蓮
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光復
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南富
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紅葉教會
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東北區
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花南小區
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花蓮
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萬榮
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紅葉
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立山教會
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東北區
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花南小區
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花蓮
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卓溪
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立山
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山里教會
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東北區
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花南小區
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花蓮
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卓溪
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立山
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玉里教會
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東北區
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花南小區
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花蓮
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玉里
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中城
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萬寧教會
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東北區
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花南小區
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花蓮
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富里
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萬寧
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靜浦教會
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東南區
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長濱小區
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花蓮
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豐濱
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靜浦
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南溪教會
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東南區
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長濱小區
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臺東
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長濱
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三間
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大俱來教會
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東南區
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長濱小區
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臺東
|
長濱
|
三間
|
|
|
三間教會
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東南區
|
長濱小區
|
臺東
|
長濱
|
三間
|
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真柄教會
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東南區
|
長濱小區
|
臺東
|
長濱
|
三間
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忠勇教會
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東南區
|
長濱小區
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臺東
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長濱
|
忠勇
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田組教會
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東南區
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長濱小區
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臺東
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長濱
|
長濱
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竹湖教會
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東南區
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長濱小區
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臺東
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長濱
|
竹湖
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重安教會
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東南區
|
長濱小區
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臺東
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成功
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博愛
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忠孝教會
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東南區
|
長濱小區
|
臺東
|
成功
|
忠孝
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美山教會
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東南區
|
長濱小區
|
臺東
|
成功
|
忠孝
|
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三仙教會
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東南區
|
長濱小區
|
臺東
|
成功
|
三仙
|
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高台教會
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東南區
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長濱小區
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臺東
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成功
|
三仙
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芝田教會
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東南區
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成功小區
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臺東
|
成功
|
三仙
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忠智教會
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東南區
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成功小區
|
臺東
|
成功
|
忠智
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成功教會
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東南區
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成功小區
|
臺東
|
成功
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三民
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忠仁教會
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東南區
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成功小區
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臺東
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成功
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忠仁
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八邊教會
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東南區
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成功小區
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臺東
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成功
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和平
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和平教會
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東南區
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成功小區
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臺東
|
成功
|
和平
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鹽濱教會
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東南區
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成功小區
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臺東
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成功
|
和平
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嘉平教會
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東南區
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成功小區
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臺東
|
成功
|
和平
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豐田教會
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東南區
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成功小區
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臺東
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成功
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信義
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豐泉教會
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東南區
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成功小區
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臺東
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成功
|
信義
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小馬教會
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東南區
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成功小區
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臺東
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成功
|
信義
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美蘭教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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東河
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北源
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隆昌教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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東河
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隆昌
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興昌教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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東河
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興昌
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都蘭教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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東河
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都蘭
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漁橋教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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東河
|
都蘭
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大橋教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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臺東
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南榮
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石川教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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臺東
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富豐
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東光教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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臺東
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永樂
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美和教會
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東南區
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臺東小區
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臺東
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太麻里
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美和
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建農祈禱所
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東南區
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臺東小區
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臺東
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臺東
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建農
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知本祈禱所
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東南區
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臺東小區
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臺東
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臺東
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建業
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漁人祈禱所
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東南區
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臺東小區
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臺東
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蘭嶼
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紅頭
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臺東教會
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東南區
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鐵路小區
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臺東
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臺東
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興國
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華源教會
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東南區
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鐵路小區
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臺東
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太麻里
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華源
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太麻里教會
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東南區
|
鐵路小區
|
臺東
|
太麻里
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大王
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大武祈禱所
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東南區
|
鐵路小區
|
臺東
|
大武
|
大武
|
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金崙教會
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東南區
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鐵路小區
|
臺東
|
太麻里
|
金崙
|
|
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良溪教會
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東南區
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鐵路小區
|
臺東
|
太麻里
|
多良
|
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土坂祈禱所
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東南區
|
鐵路小區
|
臺東
|
達仁
|
土坂
|
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|
加津林祈禱所
|
東南區
|
鐵路小區
|
臺東
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大武
|
大竹
|
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豐南教會
|
東南區
|
鐵路小區
|
臺東
|
富里
|
豐南
|
|
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池上教會
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東南區
|
鐵路小區
|
臺東
|
池上
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福原
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德高教會
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東南區
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鐵路小區
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臺東
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關山
|
德高
|
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月美教會
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東南區
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鐵路小區
|
臺東
|
關山
|
月眉
|
|
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瑞源教會
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東南區
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鐵路小區
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臺東
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鹿野
|
瑞源
|
|
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延平祈禱所
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東南區
|
鐵路小區
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臺東
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延平
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桃源
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資料來源：
真耶穌教會網頁http://www.tjc.org.tw/Home/Index?gpid=4
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