基督教長老會教堂在臺灣東部村落分布的密度極高，它是最早傳入東部的基督教派。
基督教長老會傳入臺灣始於同治4年（1865）5月28日，英國英國長老會差會派遣的蘇格蘭的醫學博士馬雅各醫生在打狗（高雄）登陸，同行的有杜嘉德（Rev. Carstairs Douglas）和威利（Rev. Alexander Wylie）兩位牧師，6月16日在臺灣府城西門外看西街租屋設教行醫。
同治6年（1867）12月13日首任駐臺牧師李庥（Rev. Hugh Ritchie）和夫人抵達打狗，光緒元年（1875）李庥搭戎克船到寶桑（臺東市），在附近原住民部落施醫傳教，4月8日抵達成廣澳，探訪成廣澳平埔八社，11日前往彭仔存，受到當地頭目的歡迎，第二天為安息日，李庥牧師在頭目家屋前院，舉行露天禮拜，很多平埔族人前來接受福音，揭開基督教長老會在東部傳教的歷史。
光緒3年（1877）春天阿猴（屏東）里港教會西拉雅族人張源春從西部遷來，在蟳廣澳（小港）登陸，借住石雨傘社頭目家，剛好頭目患哮喘病嚴重，幾已藥石罔效，張源春告訴他信靠耶穌必得醫治，取一杯水禱告後讓他喝下，竟然不藥而癒，被稱為「祈禱水神蹟」。之後他繼續用祈禱水醫治病人，有三、四十戶信主，成立石雨傘教會，同年還成立了迪階教會（觀音山教會、加蜜山教會）和石牌教會（富里教會）。
最初教會公報稱石雨傘教會為蟳廣澳教會，光緒12年（1886）重新命名為石雨傘教會，光緒14年（1888）的大庄事件造成的族群衝突使得石雨傘教會因而沒落，明治34年（1901）12月巴克禮第三度到石雨傘，教會才逐漸恢復，明治38年（1905）教會有六、七十人，計劃興建新的教堂。昭和12年（1937）中日戰爭爆發，日人對宗教的控制趨嚴，石雨傘教會轉入地下秘密聚會。戰後高篤行牧師到新港招集信徒重建教會，改名為新港教會。
石雨傘教會為基督教長老會在東部建立的第一座教會，為東臺灣宣教之始，因此石雨傘成為基督教長老會東臺灣宣教的紀念地。原位於石雨傘公路西邊台地海蝕柱附近的教堂已經不存，現在石兩傘島礁的最頂點建有基督教東傳紀念公園，綠地平整、椰影婆娑，民國66年（1977）臺灣基督教長老教會東部中會在此設立「宣教百週年紀念碑」。
紀念碑一面刻「東台灣設教百週年紀念碑」幾個大字，一面刻有「東部台灣福音傳播簡史」：「1875年3月24日，李庥牧師出發訪問東部。4月3日登陸寶桑（台東）傳道。4月10日登陸蟳廣澳（石雨傘）。4月12日在彭仔存主日禮拜。1877年年初，阿里港一信徒遷到，蟳廣澳發生『祈禱』事件。1879年12月11日接東部信徒申請書，因已有三處地方聚會。1880年11月25日東部第一位傳道師胡古先生已到任。1881年4月巴克禮牧師到東部洗禮。」「台灣東部設教百週年紀念碑文」如下：「台灣東部，昔稱後山，蓋因高山橫阻，與西部隔絕，交通不便，而開發落後。幸蒙恩主不棄，早於百年前既有福音傳人恩澤吾民，誠可慶可頌也，乃誌此碑文，永銘主恩。始者主曆一八七七年，有屏東阿里港基督傳教徒張源春遷居台東縣成廣澳，既今成功鎮附近，住酋長家中，該酋長患氣喘病，久受其苦，惟賴吸食鴉片茍活，經張氏憑信心以祈禱後之清水治癒，酋長遂歸正信主，類此神蹟復現數次，終有四十戶人棄佛像歸向真神，既而設立石雨傘教會，乃東部教會由茲始也。日後張氏遷居深山，福音亦隨之越過海岸山脈而傳至石碑（今富里觀音山一帶），所謂『祈禱水』亦盛行，兩年後既有三處固定聚會禮拜，其中兩處且建堂。是時台南教士會接獲東部報告，並應求於一八七九年派遣傳道師胡古先生前來牧會四個月，此既東台灣第一位傳教師也。一八八一年四月初英籍宣教師巴克禮博士由西部乘船至成廣澳一帶訪問教會並主持聖禮與恭守聖餐，鼓勵信徒，並見過酋長等因祈禱水而治癒者，無不感念不已。教會綿延及今，歷代聖徒再接再厲，成果豐碩，今欣逢百年，乃追溯發韌之史蹟，立此石碑緬懷主恩，期吾同道，繼往開來，擴展神國，造福桑梓，幸乎不辜負吾主託付，特此銘誌。台灣基督長老教會東部中會謹識。主後一九七七年八月廿四日。」
基督長老教會在東部山地的傳教必須提到姬望‧依娃爾（Chiwang‧Iwal），姬望53歲受洗，是太魯閣族中第一位受洗的基督徒，58歲隨孫雅各牧師到淡水婦女聖經學校（淡水婦學堂）求學，8個月後受北部女宣道會派遣回鄉傳教，撐過太平洋戰爭日本殖民政府的禁教，將福音傳入太魯閣族和布農族的部落。
下表為花東兩縣的基督教長老會教會，可看出原住民中會佔多數，也可看出某些鄉鎮的教會數較少，例如綠島完全沒有，池上、關山亦不多，和原住民人數多少有關。
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花蓮縣
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臺東縣
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教會
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中會
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所在地
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教會
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中會
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所在地
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美港
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東部
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花蓮
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池上
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東部
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池上中山路
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美崙
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東部
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花蓮
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富興
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東美
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池上富興
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北濱
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東部
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花蓮
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關山
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東部
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關山三民路
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花蓮港
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東部
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花蓮
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德高
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東美
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關山德高
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信義
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東部
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花蓮
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瑞源
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東美
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鹿野瑞源
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碧雲莊
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東部
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花蓮
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鹿野
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東部
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鹿野龍田
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都信
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太魯閣
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花蓮民勤里
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巴拉雅拜
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東美
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鹿野和平路
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主權
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阿美
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花蓮德安6街
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初鹿
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東部
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卑南初鹿
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托瓦本
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阿美
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花蓮華東
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稻葉
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東美
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卑南嘉豐
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國福
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阿美
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花蓮國福里
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山里
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東美
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卑南山里
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進豐
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阿美
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花蓮國防里
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利吉
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東美
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卑南利吉
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花布
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布農
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花蓮國興1街
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大南
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東部排灣
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卑南東興
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新城
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東部
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新城
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比利良
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東部排灣
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卑南東興
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北埔
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東部
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新城大漢
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阿里擺
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Pinuyumayan
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卑南檳榔
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巴扶以善
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阿美
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新城康樂
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比那斯基
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Pinuyumayan
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卑南賓朗
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孫理蓮
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阿美
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新城嘉里
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利伽奉
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Pinuyumayan
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卑南利嘉
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真光
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阿美
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新城嘉里
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里福里福克
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Pinuyumayan
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卑南初鹿
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慶豐
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東部
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吉安慶豐
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達瑪拉告
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Pinuyumayan
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卑南泰安
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懷恩
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東部
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吉安南昌
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台東
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東部
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臺東廣東路
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南埔
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東部
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吉安東昌
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更生
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東部
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臺東杭州路
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東方
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東部
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吉安北昌
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知本
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東部
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臺東知本
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慶豐
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阿美
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吉安慶豐
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馬蘭
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東美
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臺東臨潼街
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斯達岸
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太魯閣
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吉安慶豐
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康樂
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東美
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臺東豐樂里
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美雅麥
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阿美
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吉安太昌
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馬但
|
東美
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臺東衡陽路
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歌柳
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阿美
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吉安吉豐路
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豐里
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東美
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臺東中華路
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宜昌
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阿美
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吉安宜昌
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石山
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東美
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臺東富豐里
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田埔
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阿美
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吉安南昌
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加路蘭
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東美
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臺東富岡
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東昌
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阿美
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吉安東昌
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新園
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東部排灣
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臺東新園
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清水
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太魯閣
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吉安福興
|
普悠瑪
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Pinuyumayan
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臺東
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南華
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阿美
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吉安南華
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龍泉
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布農
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海端廣原
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布洛灣
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太魯閣
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吉安南華
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錦屏
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布農
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海端廣原
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思彼悠
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太魯閣
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吉安干城
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初來
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布農
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海端初來
|
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志學
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東部
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壽豐志學
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新武
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布農
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海端新武
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壽豐
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東部
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壽豐
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下馬
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布農
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海端下馬
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豐田
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東部
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壽豐豐山
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霧鹿
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布農
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海端霧鹿
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池南
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阿美
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壽豐池南
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利稻
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布農
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海端利稻
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加拿恆
|
阿美
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壽豐
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海端
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布農
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海端海端
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豐山
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阿美
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壽豐豐山
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紅石
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布農
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海端紅石
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溪口
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阿美
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壽豐溪口
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崁頂
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布農
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海端崁頂
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月眉
|
阿美
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壽豐月眉
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加樂
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布農
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海端加樂
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橄樹
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阿美
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壽豐鹽寮
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加拿
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布農
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海端加拿
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水璉
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阿美
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壽豐水璉
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武陵
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布農
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延平武陵
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鳳林
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東部
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鳳林大同街
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永康
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布農
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延平永康
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中興
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阿美
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鳳林中興
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中野
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布農
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延平鸞山
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吉拉卡樣
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阿美
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鳳林山興
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下野
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布農
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延平鸞山
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鳳信
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阿美
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鳳林中正路
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巴善告
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布農
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延平桃源
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森榮
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阿美
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鳳林森榮
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紅葉
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布農
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延平紅葉
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大安
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東部
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光復中山路
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樟原
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東美
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長濱樟原
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太巴塱
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阿美
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光復中正路
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南溪
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東美
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長濱南溪
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帖撒羅
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阿美
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光復建國路
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南山
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布農
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長濱南溪
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馬太鞍
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阿美
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光復大馬
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大俱來
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東美
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長濱大俱來
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加禮洞
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阿美
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光復東富
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真柄
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東美
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長濱真柄
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鎮平
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阿美
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光復大全
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長光
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東美
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長濱長光
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馬富
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阿美
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光復西富
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長濱
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東部
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長濱長濱路
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岡界
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阿美
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光復大興
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田組
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東美
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長濱田組
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光濱
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東部
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豐濱
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永福
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東美
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長濱永福
|
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芭崎
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阿美
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豐濱芭崎
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南湖
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東美
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長濱南竹湖
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磯崎
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阿美
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豐濱磯崎
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八桑安
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東美
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長濱八桑安
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噶瑪蘭
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阿美
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豐濱新社
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宜灣
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東美
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成功宜灣
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宮下
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阿美
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豐濱新社東興
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博愛
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東美
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成功重安
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豐富
|
阿美
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豐濱豐富
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小港
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東美
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成功成廣澳
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豐濱
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阿美
|
豐濱
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忠孝
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東美
|
成功忠孝
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八里灣
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阿美
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豐濱八里灣
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三仙
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東美
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成功三仙
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港口
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阿美
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豐濱港口
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芝田
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東美
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成功芝田
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靜浦
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阿美
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豐濱靜浦
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新港
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東部
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成功中山路
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瑞穗
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東部
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瑞穗中山路
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成功
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東美
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成功三民
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富興
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阿美
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瑞穗
|
忠仁
|
東美
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成功忠仁
|
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瑞北
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阿美
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瑞穗瑞北
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三民
|
東美
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成功吉林街
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富源
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阿美
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瑞穗
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和平
|
東美
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成功和平
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瑞良
|
阿美
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瑞穗中山路
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嘉平
|
東美
|
成功嘉平
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梧繞
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阿美
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瑞穗鶴岡
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都歷
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東美
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成功都歷
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鶴岡
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阿美
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瑞穗鶴岡
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小馬
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東美
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成功小馬
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自強
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阿美
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瑞穗瑞美
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泰源
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東美
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東河泰源
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奇美
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阿美
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瑞穗奇美
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北源
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東美
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東河北源
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奇美
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布農
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瑞穗奇美
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美蘭
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東部
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東河北源
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迦南
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阿美
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瑞穗舞鶴
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東河
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東美
|
東河
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舞鶴
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阿美
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瑞穗舞鶴
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隆昌
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東美
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東河隆昌
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玉里
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東部
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玉里和平路
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興昌
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東美
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東河興昌
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玉山
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阿美
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玉里永昌
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都興
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東部
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東河都蘭
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下德武
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阿美
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玉里德武
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都蘭
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東美
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東河都蘭
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能雅
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阿美
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玉里德武
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太麻里
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東部
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太麻里大王
|
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春日
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阿美
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玉里春日
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新香蘭
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東部排灣
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太麻里香蘭
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馬太林
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阿美
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玉里春日
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金崙
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東部排灣
|
太麻里金崙
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呂福
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阿美
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玉里松浦
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溫泉
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東部排灣
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太麻里溫泉
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松浦
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阿美
|
玉里松浦
|
多良
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東部排灣
|
太麻里多良
|
|
瑪谷達璦
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阿美
|
玉里松浦
|
大溪
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東部排灣
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太麻里大溪
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督旮薾
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阿美
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玉里觀音
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新興
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東部排灣
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金峰新興
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高寮
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阿美
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玉里觀音
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正興
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東部排灣
|
金峰正興
|
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加蜜山
|
阿美
|
玉里觀音
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嘉蘭
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東部排灣
|
金峰嘉蘭
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坪頂
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太魯閣
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玉里東豐
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賓茂
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東部排灣
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金峰賓茂
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樂合
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阿美
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玉里樂合
|
歷坵
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東部排灣
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金峰歷坵
|
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安通
|
阿美
|
玉里安通
|
愛國埔
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東部排灣
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大武大竹
|
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東里
|
東部
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富里東里
|
大竹
|
東部排灣
|
大武大竹
|
|
東竹
|
東部
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富里竹田
|
加拿美
|
東部排灣
|
大武大竹
|
|
富里
|
東部
|
富里中山路
|
加津林
|
東部排灣
|
大武大竹
|
|
復興
|
阿美
|
富里東里
|
大鳥
|
東部排灣
|
大武大鳥
|
|
達蘭埠
|
阿美
|
富里新興
|
大武
|
東部排灣
|
大武
|
|
吉拉米代
|
阿美
|
富里豐南
|
加羅板
|
東部排灣
|
大武大武
|
|
布尼克
|
太魯閣
|
秀林和平
|
古庄
|
東部排灣
|
大武尚武
|
|
和中
|
太魯閣
|
秀林和中
|
南興
|
東部排灣
|
大武南興
|
|
和仁
|
太魯閣
|
秀林和仁
|
台坂
|
東部排灣
|
達仁台坂
|
|
谷牧紀念
|
太魯閣
|
秀林崇德
|
新化
|
東部排灣
|
達仁新化
|
|
姬望（芝苑）紀念
|
太魯閣
|
秀林富世
|
達仁
|
東部排灣
|
達仁
|
|
太魯閣
|
太魯閣
|
秀林民樂
|
安朔
|
東部排灣
|
達仁安朔
|
|
砂卡礑
|
太魯閣
|
秀林民樂
|
森永
|
東部排灣
|
達仁森永
|
|
陶樸閣
|
太魯閣
|
秀林民有路
|
紅頭
|
達悟區會
|
蘭嶼紅頭
|
|
秀林
|
太魯閣
|
秀林
|
漁人
|
達悟區會
|
蘭嶼漁人
|
|
波拉旦
|
太魯閣
|
秀林三棧
|
椰油
|
達悟區會
|
蘭嶼椰油
|
|
景美
|
太魯閣
|
秀林加灣
|
朗島
|
達悟區會
|
蘭嶼朗島
|
|
大山
|
太魯閣
|
秀林佳民
|
東清
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達悟區會
|
蘭嶼東清
|
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格督善
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太魯閣
|
秀林佳民
|
銀野
|
達悟區會
|
蘭嶼銀野
|
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吾耀
|
太魯閣
|
秀林佳民
|
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威朗紀念
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太魯閣
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秀林水源
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|
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銅門
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太魯閣
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秀林銅門
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|
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文蘭
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太魯閣
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秀林文南
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米亞丸
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太魯閣
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秀林米亞丸
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重光
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太魯閣
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秀林重光
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西林
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太魯閣
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萬榮西林
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清溪
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太魯閣
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萬榮
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見晴
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太魯閣
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萬榮見晴
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魯巴斯
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太魯閣
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萬榮
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利華
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太魯閣
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萬榮明利
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明利
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太魯閣
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萬榮明利
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馬遠
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布農
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萬榮馬遠
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大馬園
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布農
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萬榮馬遠
|
|
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東光
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布農
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萬榮馬遠
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紅葉
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太魯閣
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萬榮紅葉
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崙太
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太魯閣
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卓溪崙山
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崙山
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布農
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卓溪崙山
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思窪撒爾
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太魯閣
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卓溪立山
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道賽
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太魯閣
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卓溪山里
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太平
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布農
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卓溪太平
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中興
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布農
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卓溪中興
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中平
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布農
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卓溪中平
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卓溪
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布農
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卓溪
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卓樂
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布農
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卓溪卓清
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清水
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布農
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卓溪卓清
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古風
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布農
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卓溪古風
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崙天
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布農
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卓溪古風
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石平
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布農
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卓溪古風
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