945，Seeger退伍，成立音樂家聯盟「People’ Songs Inc. 」，希望將工運與民謠結合，顛峰期，會員高達三千人。只是冷戰開始後，工運人士對他們這種反對運動的音樂家不再有興趣了。1948年，Seeger轉為進步黨的Henry Wallace助選總統，卻一敗塗地。(便是在此助選期間，當Wallace受訪時，Seeger在旅館中有些自由時間，開始寫那本《How to Play the Five-String Banjo》）1949九月四日，Seeger在紐約Peekskill暴動中，車子受到攻擊，他的妻子與三歲兒子因為玻璃破碎而受到輕傷。但他毫無畏懼，繼續寫歌演唱，與Lee Hay所合作的〈If I had a Hammer〉是一首積極、樂觀的社會改革歌曲。Almanacs樂團解散前，曾錄製了好幾張頗有影響力的唱片。

1948年，Seeger又幫忙創立Weavers四重唱，除了Almanacs的舊團員Lee Hays外，另兩位是 Fred Hellerman, Ronnie Gilbert。一年後，〈Goodnight, Irene〉一鳴驚人，登上排行榜，他們的聲譽扶搖直上，享譽全國。其實〈Goodnight, Irene〉是彈十二弦吉他Leadbelly先開始唱的，可惜他在此歌成名六個月前去世了。Leadbelly一生坎坷，遭遇許多失望挫折，最後仍無緣見到此歌的成就。Seeger很喜歡唱Leadbelly的歌，說他的歌最能反映人生，充滿了真情。

五十年代，Weavers使得民歌大為風行，而他們的成名曲，除了那首1948-75蟬聯排行榜冠軍寶座最久的〈Goodnight, Irene〉外，還有〈Kisses Sweeter than wine〉、〈The Lion sleeps tonight〉……。因Weavers跟隨Almanacs腳步常在罷工示威處或勞工集會場所演唱，當他們正大受歡迎，聲譽日蒸月上時，Weavers被政府稱為政治反動份子，Seeger被列上黑名單。

1955年，Seeger因1942-50年加入共黨，又在政治集會演唱，被傳喚到國會聽證。他沒有像其他的人以Fifth Amendment自保，而在國會「Un-American Activities Committee」前，表示談論個人政治立場與或說出他與共黨的關係違反他的First Amendment， 1961年，被判藐視國會，與劇作家Arthur Miller以及其他六人，4月2日，判刑十年。(但隔年1962年，又被無罪釋放。)

因被列為黑名單，Weavers許多的演唱會都被取消，而且被阻擋在電視電台等大眾傳播媒體外。1959年，Weavers被迫解散， Seeger卻不曾一蹶不振。五十年代後期，他開始一人單飛，到處在各校園演唱。那首有名的〈花兒都到哪兒去了？〉便是在國會聽證會後，一次在前往校園演唱的飛機上所得到的靈感。六十年代，他在人權或和平反戰的集會演唱會上，更是大放異彩。

1961，Seeger是校園熱門民歌手以及年輕人的偶像。他說他很喜歡在校園演唱，在學生前獻唱是他人生最大的享受，因為學生很容易和音樂共鳴，而音樂正必須有群眾的參與。當聽眾能夠與歌者一起吟唱，那種和諧是無可言喻的。民歌起於一群好鄰居、好朋友的團體，當歌者與聽眾結合，歌者與聽眾合一，才能唱出民歌精髓，提煉出和諧氣氛，去除偏見、勢利眼、階層意識，讓人感受到「美國確實是一塊自由的土地」。

因為他經年不斷草根性的演唱，校園開始出現「民謠社」，許多調頻電台也開始播送民歌，使民歌這種基層音樂更加受到了大眾歡迎。民謠風起後，1962年，ABC推出民謠節目「Hootenanny」，卻抵制Seeger上節目，觀眾與其他民歌手知道後，開始杯葛，使其收視率大降。Seeger後來有了自己的節目，為新一代的民歌手Joan Baez、Bob Dylan鋪路

雖然被大眾傳播媒體所抵制，Seeger編寫的歌曲仍在全國四處流傳，甚至協助建立一些地方慶典的民謠風氣，連富人群集奢華的避暑勝地Newport ( Rhode Island)的Folk Festival也是其中之一；1963年，7月26-28日，Seeger、Bob Dylan 、Joan Baez於Newport Folk Festival同台獻唱，是民謠運動一個很重要的旅程碑。

從四、五十年代為農工問題，六十年代為人權、和平反戰，到七、八十年代的呼籲環保，六十多年來，Seeger一再支持各種社會運動，到美國各地獻唱，也去過35個國家，影響人無數。比如，光是音樂界，他在Palo Alto舉行演唱會，曾影響年輕的Joan Baez以及Kingston Trio的主唱Dave Guard。他所寫的民歌，也讓許多民歌手受惠，〈花兒都到哪裡去了？〉〈If I Had a Hammer〉使Peter, Paul & Mary更受歡迎，〈Turn Turn Turn〉〈Bells of Rhymney〉使the Byrds增色，〈We Shall Overcome〉這首Seeger 1963年在卡內基音樂廳實況錄影的專輯歌曲，銷售量超過五十萬張，當 Joan Baez為抗議ABC杯葛Seeger上「Hootenanny」時，她在華府25萬民權示威遊行的群眾中高唱〈We Shall Overcome〉之聲勢浩大，更是無人不知，無人不曉。

Seeger說〈We Shall Overcome〉其實原是一首宗教歌曲〈I Will Overcome〉。1946年，有300百個女人，大都是黑人，在南卡Charles鎮的美國煙草公司罷工示威遊行，合唱這首歌。南方人唱歌常會依照場合而把一首歌唱得或快或慢。其中一位叫Lucy O’Simmons的婦女，把這首歌唱得很慢、很慢，唱得很有感情。有些人把她的詮釋方式唱給Zilphia Horton聽。 Horton之妻是田納西州Highlander Folk School的創辦人，有很好聽的女低音歌喉，很喜歡這一首歌。1947年，她到紐約為學校籌募經費時，碰到Seeger，轉唱給他聽。Seeger將之改為〈We Will Overcome〉後，在全美各地演唱。1957年，Martin Luther King在民權集會中聽到他邊彈Banjo邊演唱這首歌後，隔天要到肯塔基演講，他向Seeger說：「你那首歌，很讓人聽後難忘啊？」從此，〈We Shall overcome〉便成為有名的民運代表歌，代表希望，傳到世界各地。 Seeger說，幾年前，他曾到印度演唱，去到一個小村落，房屋都是泥草建成，有個人因看過他的相片認出他，很快地走到他女兒身邊，父女倆開始以當地語言「班加拉語」(Bengali)唱起〈We Shall overcome〉。

儘管〈We Shall overcome〉非常暢銷，也傳到偏遠的東方角落， Seeger最有名的歌曲仍屬那首〈花兒都到哪裡去了？〉。Seeger說這首歌的歌詞源於蘇聯的民謠。一次，他讀到了Mikhail Sholokhov的小說《And Quiet Flows the Don》，文中提到一首烏克蘭民謠，只有三句：「花兒都到哪裡去？少女採摘了去。少女都到哪裡去？都有了良人了。男人都到哪裡去？都成為戰士了。」讓他深受震撼，在他隨身攜帶的小記事本上寫下了這三句歌詞，想留待以後應用。1956年，7月26日，眾議院以373票對9票裁定他藐視法庭，百感交集的他力圖振作，繼續到像Oberlin、Reed等自由派學院演唱。一回，他正前往一家自由學院演唱途中，飛機上，拿出他記錄靈感的小冊子，翻到一、兩年前所寫下的那三句歌詞，靈感乍臨，加上他一直很喜歡其語音旋律的兩句話：「很久了」(Long time passing)，「很久以前了」(Long time ago)，不到五分鐘，整首歌的歌詞與曲調便都有了。

因為只有三段歌詞，是一首短歌，他把這首歌與另外兩首短歌混和，當做medley唱，叫它們是他的《短褲》（short shorts），出了唱片後，就把它給忘了。一直到三年後，有人來問他：是否寫過〈花兒都到哪裡去了〉？原來，Kinston Trio以為這首歌是一首古老的民謠，灌注了唱片，把這首歌佔為己有。在 Seeger打電話表明立場後，Kinston Trio隨即致歉。

〈花兒都到哪裡去了？〉不只在美國境內流行，也曾在國外大大暢銷。在德國，美麗的德籍豔星Marlene Dietrich之女曾堅持她灌唱這首歌。(但Dietrich第一次演唱這首歌是在巴黎，用法文，也灌唱了法文版，隔年才在華府唱英文版。)愛爾蘭歌手Peggy Seeger與Dehan都告訴Seeger，稱譽這首歌是他的最佳作品！

只是，〈花兒都到哪裡去了？〉的曲子原來只有三段歌詞，後來又怎麼跑出另外兩段歌詞的呢？原來一位Camp Woodland的營地顧問Joe Hickerson從Seeger錄製的唱片聽到了這首歌，教給他營地裡的小孩。當那些小孩子把歌詞改為：「所有的顧問都到哪裡去了？每個人都打破宵禁去了。」。Hickerson覺得這樣的文字排列組合實在很有趣，而且容易琅琅上口，便為這首歌又添上了兩段歌詞：「戰士都到哪裡去了？都住到墳塚內了。墳塚都到哪裡去了？上面都長滿花了？」然後再回到原來的「花兒都到哪裡去了？都被少女摘去了……」。暑假結束後，營區的小孩把這首歌帶回家去，Peter, Paul & Mary便開始這樣唱起了這首歌！

因為Hickerson增添了後面兩段歌詞， Seeger把歌詞20%的版權費轉給Hickerson。但也說他幸好沒有給Hickerson50%，因為此乃烏克蘭的民謠（Koloda Duda），20%應給蘇聯才是，只是不曉得應給聖彼得堡或是莫斯科的民謠檔案管理處就是了？！

一向為弱勢團體爭取民權的Seeger自然非常尊重藝術創作權，即使作者已經過世或不詳了。他把他作曲的故事歌〈Abiyoyo〉50%的版權費送到了南非，因為〈Abiyoyo〉原為南非Xhosa 族的搖籃曲。他另有一首有名的曲子〈Turn Turn Turn〉，歌詞取自聖經的《傳道書》，而想把45%的版權費送到倫敦，因為聖經King James version是在那裡發行的。後來改變了心意，把版權費送給了歌詞的最原始出處以色列：Israeli Committee for Arab Defense，順便告訴阿拉伯人，以色列的猶太人並不都是那麼邪惡或自私自利的。(因為曲子是他自己寫的，歌詞部分他也寫了六個字，其中一個字又重複了三次，他把歌詞版權費留給了自己5%。)