賦改會原本並未將開徵證所稅、土所稅等資本利得課稅問題納入討論議題，但是，許多委員包括中經院院長朱敬一、公平稅改聯盟發言人簡錫堦、學者孫克難、陳聽安等人都強烈主張，應該把資本利得課稅問題納入討論，才符合公平正義。

不過，財政部官員私下認為，開徵證所稅、土所稅的可能性極低。因為即使賦改會最後決定要課稅，做不做仍由行政院政策決定。

前財政部長郭婉容在民國七十八年宣布復徵證所稅，造成股市連跌十九天。賦改會昨天決定將復徵證所稅納入議題，但為了避免投資人過度反應，財政部長李述德會後表示，資本利得的課稅問題，每個國家作法都有其背景和現實考量，我們要怎麼課、何時課，都需要再討論。

事實上，就連賦改會委員對於資本利得課稅與否，看法也是南轅北轍。

國民黨立委蔡正元說，復徵證所稅工程太龐大，又課不到多少稅，還會造成股市大跌，根本是自找麻煩。

商總理事長張平沼也說，目前課徵證交稅成本低、稅收多，根本課不到什麼證所稅。

宏碁董事長王振堂也頻頻以「很複雜」一詞來形容復徵證券交易所得稅。

但簡錫堦認為，即使股市因為復徵證所稅下跌，只要基本面好，總會有人進場買，而且這樣才能健全資本市場，達到賦稅公平。