2001年，還是臺北市長的馬英九在出席紀念六四12周年的活動時說：「中國大陸的民主化是六四平反的先決條件，你不可能期待現在的統治者突然站出來說，我們平反。 」

2002年馬英九任台北市長時，北市府在2002年6月4日時舉辦「普世人權——六四事件與兩岸民主進程」活動。

當時馬英九表示：「13年來大陸人權表現還是值得檢討，我們不要為了怕中共，就不敢提關鍵的議題，即使被討厭，因而不能去大陸，也不應該就此鬆口、讓步，對六四，對民主持續關懷，絕不手軟。」

[2005年8月6日]新當選為國民黨主席的台北市長馬英九8月5日接受臺灣中國時報專訪表示，他就任後，對平反六四天安門事件、聲援法輪功、批判反分裂法的立場不會改變，「六四不翻案，統一不能談」，是至今未變的堅持。

馬英九當時承諾將延續對中共內部民主化的批判：「我不會當上國民黨主席後就封口了！那反而不是友善的態度。」

馬英九當時強調，「民主如果不生根，對兩岸關係是不利的，朋友就是友直友諒友多聞！」

他舉例說，台灣二二八、白色恐怖都可以平反，同樣道理，大陸對六四事件等，應該也可以平反。

2007年馬英九以前國民黨主席的身份發表《自由民主兩岸對話基礎》：

在「六四」十八週年的今天，我們必須鄭重的提醒，自由民主必須是兩岸的共同語言，因為能夠真正促使兩岸有效對話並建立互信的共同基礎，只有自由與民主。

2008年4月14日，馬英九在記者會上明確表示，5月上任後，他會繼續參加悼念「六四天安門事件」活動，但形式會有所變化，他對平反「六四」的立場不會改變，是至今未變的堅持，他還相信中共遲早會改變對「六四」的態度。

不過一年後，在2009年6月4日，即六四事件二十週年時在總統府網站發表的「六四事件二十週年感言」當中提及六四之後二十年，中國經改成功，人民生活大幅改善，並認為最近十年「中國當局比過去更為注意人權議題」，所以他從2008年年起即未再參加六四紀念活動。

六四民運22年

六四民運24年