第2階段5年500億計畫有11校入榜，期間為97到99年，教育部去年核定每校每年獲補助金額在2億到30億不等，但每年都要考評，再視結果增減補助款，最近完成第2階段第1年執行成效考評。
教育部高教司表示，考評結果共分4等級，最好的是「優」，有台大等7校；再來是「良」，包括中興等3校；「可」只有政大，但沒有學校「待進步」。
高教司說，今年11校的結果顯示有進步，但「各校都是跟自己比」，看是否達到自己設定的目標，被評「優」者也有缺點要改進。
由於去年是第2階段的第1年，教育部認為補助金額仍依照原來核定的標準，暫不變動，明年考核今年的成效，不排除將依成績增減。
據指出，有委員質疑台大拿了最高的30億補助卻仍無法進入世界百大，台大校長李嗣涔表示，台大在多項領域都在進步，仍照目標進行，要在99年底前，讓設定的領域進入世界百大。
委員對政大的建議是若要進入世界百大，需多延攬國外學者，要加倍努力，政大校長吳思華對委員建議和成績屬「可」感到不解，打算再跟教育部溝通。
他認為，每校獲補助的金額不同，用相同標準對該校不公平。
獲「優」的中央大學校長蔣偉寧說，該校4年刊登國際知名學術期刊有10多篇，加上注重教學，都獲委員肯定。
但是委員也建議該校應該和聯大跨校整合，加強人文社會領域，並加強延攬人才，要到全世界去找人才。
蔣偉寧和李嗣涔都希望5年500億經費要能繼續，變成長期的競爭性經費，對台灣高教發展有很大的助益。
