剛剛辦完蔣經國百年誕辰的活動，馬英九又以「胡適仰慕者」的身份紀念「胡適與五四運動九十週年」。但胡適與蔣經國之間的衝突，恐怕不是馬英九這個當年的小秘書可以理解的。 

1950年，胡適滯留在大陸的三子胡思杜發表了「對我父親胡適的批判」一文，痛陳「從階級分析上我明確了他（胡適）是反動階級的忠臣、人民的敵人」。胡適於1952年回台講學與蔣介石晤面時，老蔣當場出示胡思杜的文章，對此事表示「關懷」。但胡適卻認為蔣介石是在嘲弄自己兒子不肖，就拿蔣經國也曾在1927年寫文章罵蔣介石是「革命的叛徒，帝國主義的幫兇」一事，反唇相譏說：「我的小兒子天性愚鈍，實不成器，不如總統令郎迷途知返！」 

胡適的譏諷除了個人意氣之外，其實還有「吾子之不肖，勝於汝子之肖」的意思。當時的蔣經國不止「迷途知返」，還猶勝乃父。他剛被蔣介石任命為「國防部總政治部主任」，兼任「總統府機要室資料組主任」，實際上是全台情治機構的首腦，也是要用共產黨的組織方式重新打造國民黨的思想總指揮。其權力之大，甚至能直接跳過時任台灣省主席兼台灣省保安司令的吳國楨，直接指揮副司令彭孟緝到處抓「匪特」，逼得吳國楨只好辭去省主席之位避走美國。

在思想工作上，蔣經國更是完美運用了蘇聯學來的技巧。曾在蔣經國麾下受訓的傅正就曾在日記中寫到蔣經國提出的兩點訓示：「一是忠實性，這就是要無條件的服從領袖」；「二是鬥爭性，這就要健全的組織，組織者也就是只許我存在、不許別人存在」。 

 蔣經國「師共以制共」的作為，與胡適認為國民黨唯有在台灣搞自由開放才能與中共競爭的看法是截然相反的，於是胡適又乘機向蔣介石告了蔣經國的狀，並在1953年1月16日的日記中寫道，「蔣公約我吃飯，……我說，今日台灣實無自由。第一無人敢批評彭孟缉。第二，無一語批評蔣經國。第三，無一語敢批評蔣總統」。次年，胡適又在國民大會開會時，力主公開討論吳國楨關於「撤銷軍中黨組織及政治部」、「限制特務機關權力」、「公開接受無辜被捕者親友之控訴以保障人權」等擺明是衝著蔣經國而來的政治訴求。 

胡適當著老子的面罵兒子，蔣經國當然不會不知道。雖然胡適那次回台講學的接機者和送機者都是蔣經國，有「太子代天子行師禮」的味道，但蔣經國卻從此認定胡適是敵人而不是朋友。到了1956年12月，蔣經國以國防部總政治部主任名義發出「特字第99號」文件，攻擊以胡適為發行人的《自由中國雜誌》是「假借民主自由的招牌，發出反對主義、反對政府、反對本黨的歪曲濫調」。隔年元月又出版一本《向毒素思想總攻擊》的小冊子，點名胡適「已離開學者本位，而作政治性的煽動」，「名為自由主義，實際卻是共匪的幫兇」，並宣稱「不論是在學理上、法律上、事實上都要使個人自由主義無法立足」。 

蔣經國要使自由主義者「無法立足」，但胡適在美國的聲望太大得罪不起，於是便拿雷震開刀立威，以「知匪不報，為匪宣傳」的罪名處以十年徒刑。照胡適的學生唐德剛講，雷震案對胡適的衝擊很大，「他老人家那一副愁眉苦臉，似乎老了二十年的樣子，我前所未見，看起來著實可憐」。 

能讓胡適「著實可憐」，蔣經國算是報了一箭之仇，晚年又能以親民愛民的形象掩蓋了特務頭子的下手無情，可說是在這場自由與專制的競爭中笑到最後的人。但對於以蔣經國繼承者自居，卻又自認是胡適仰慕者的馬英九來說，他到底有什麼秘方可以調和這兩個在思想上根本衝突的人，恐怕只有天知道。