立法院通過「莫拉克颱風災後重建特別條例」，行政院已決定分4年度編列特別預算，98年預計編列新台幣585億元，99年度391億元，100年度193億元與101年度31億元。
行政院長劉兆玄晚間表示，風災造成的農業損失就已達約164億7000萬元。
不過，行政院版原擬條例為中央政府得舉債或出售政府持有事業股份，以特別預算方式編列上限1000億元重建，立法院通過的條文為重建預算上限1200億元，得舉債支應，外界關注是否影響台灣主權評等。
財政部表示，目前國家舉債額度尚符合公共債務法的40%上限規定（特別條例通過前為32%，通過後約36%），且公債法舉債規定相較其他國家規範嚴謹，舉債額度也比新加坡、美國低，增加200億元債限額度，應不致造成國家信評下降。
公債法規定，中央及各地方政府在其總預算、特別預算及在營業基金、信託基金以外的特種基金預算內，所舉借的1年以上公共債務未償餘額預算數，合計不得超過行政院主計處預估的前3年度名目國民生產毛額平均數之48%，其中中央政府上限為40%。
