順治二年 (1645 年)，清兵破南京，弘光帝逃遁。嘉定縣令錢默亦出逃，清朝於是派張維熙到任。明朝嘉定總兵吳志葵重臨縣城，張維熙逃走，嘉定復為明朝所據。李成棟率騎兵路過，大肆姦淫、劫掠。李成棟，陝西寧夏人，原為李自成陣營的人，後投降明朝，再投降清朝。

早在清兵入關前，為了便於辨識順逆，往往迫逼被征服或投降者薙髮易服。朝鮮人如是，洪承疇等亦如是。清兵入山海關，即令城內軍民薙髮。往後在各佔領區，薙髮易服雷厲風行，適值漢人甚為重視髮式及衣冠服飾。《孝經》曰：「身體髮膚，受之父母，不敢毀傷，孝之始也」，男女成年之後，不隨意修剪頭髮，而是把頭髮綰成髮髻盤在頭頂。漢服也和旗裝馬褂不一樣。強行薙髮易服的結果是激發不少漢人反抗。

有見於南明政權尚在，漢人眾多，多爾袞一度暫緩薙髮令。可是隨著南京失陷，弘光帝出逃，多爾袞重頒薙髮令。王先謙《東華錄》記多爾袞給多鐸下達指令：

各處文武軍民，盡令薙髮，儻有不從，以軍法從事。

《滿清稗史》：

越一年，南方大定，乃下薙髮之令，其略曰：「向來薙髮之令不急，姑聽自便者，欲俟天下大定，始行此事。朕已籌之熟矣……自今布告之後，京城限旬日、直隸各省地方自部文到日亦限旬日，盡行薙髮，若規避惜發，巧辭爭辯，決不輕貸。」聞是時檄下各縣，有留頭不留髮、留髮不留頭之語，令薙髮匠負擔遊行於市，見蓄髮者執而薙之，稍一抵抗，即殺而懸其頭於擔之竿上，以示眾。嗣後薙髮擔有一柱矗立若旗竿然者，猶其遺制。

各地老百姓高舉反清大旗，展開武裝鬥爭，滿清即採取嚴厲手段鎮壓，尤以南方最為嚴重。

薙髮令頒佈後，嘉定群情洶湧，老百姓組成鄉兵，對李成棟部隊發起圍攻。李成棟向清朝求援。清兵支援李成棟，日夜炮轟嘉定。矢石俱盡，加上大雨滂沱，嘉定守軍逐漸處於劣勢。清兵終攻入嘉定，李成棟下令屠城，無數平民遇害，浮屍滿河。

李成棟離開後，嘉定人朱瑛聚集民眾再次控制嘉定。李成棟派部將徐元吉反攻，城破後對鄉兵血腥屠殺，《滿清入關暴政》卷二：

元吉怒，毒殺滋甚，與朱香、曹壽、趙五、哈百章等分部殺掠，數十里內，草木盡毀。時城中無主，積屍成丘，惟三四僧人於被焚處，撤取屋木，聚屍焚之，民間炊煙斷絕。

南明吳之藩反攻嘉定，城內清兵猝不及防，乃潰。嘉定民眾重燃希望。可惜不久清兵再施鎮壓，兩萬多人被殺，史稱嘉定三次屠城為「嘉定三屠」，與「揚州十日」並稱。

薙髮易服其實是文化征服的一種。為何要進行文化征服？有謂滿人不想被漢人同化，有謂欲令漢人不感覺滿人是異族，有謂滿人深感難以統治人口眾多的龐大民族，有謂滿族統治者對漢人有一種恐懼心理……要之，皆是滿人自信不足，自卑心作祟使然。

內心越自卑，管控越高壓，漢人反抗轉趨激烈是必然的。按正常處理，該緩和矛盾，酌量懷柔。偏偏前線清兵及來自流寇陣營的降將，鼓其血氣之勇及動物本能，以暴易暴，清初的大規模屠殺，可說是自卑心與獸性混合的表現。

康熙年間，清朝作出了一定的妥協和讓步。薙髮易服以較為溫和的方式進行，不復用血腥強迫。民間老百姓亦被允許穿著明朝服飾。滿漢矛盾稍為化解。