財政部北區國稅局長李慶華表示，企業當年度申報營所稅時，若適用盈虧互抵，又同樣適用促產條例的稅額扣抵時，可自由選擇優先扣抵方式，例如促產已是最後一年可扣抵，且無限額規範，則可優先扣抵，並將虧損扣除延後採用，減少申報稅負。

根據所得稅法第39條規定，營利事業如果符合適用藍色申報書，或經會計師查核簽證如期申報，可經稽徵機關核定前十年內各期虧損，從申報當年度純益額扣除後再課徵，而申請扣除的順序，應該從虧損次一年度逐年扣除。

李慶華表示，企業因經營虧損可以申報稅額扣除，但如果正好遇到也適用促產條例，則兩者抵減優惠的優先順序，可由企業自行衡量選擇，例如促產條例可抵減的營所稅稅額，已經是最後一年，可比企業盈虧互抵優先適用，先行扣抵應納稅額。

雖然因應產業發展及創新需求，促產條例租稅優惠，已在2009年底通過落日，但至今仍有企業因申請延遲，仍有部分扣抵稅額可供減除。她說明，而經營虧損當年度未扣抵部分，可保留在以後年度申請扣除，但不應超過法規所訂定的十年限制。

李慶華舉例，甲公司99年度營所稅結算申報，經稽徵機關核定虧損90萬元，而100年度申報全年所得額為80萬元，原本藉由盈虧互抵規範申報扣除，課稅所得額0元。

但稽徵機關查核後發現，甲公司100年度仍適用廢止前的促產條例，而有未抵減稅額20萬元，且是可抵減最後一年，稽徵機關告知營利事業後，企業改採用促產投資抵減稅額，並抵減當年度應納稅額13.6萬，而經營虧損核定的為90萬元，則可提供在未來九年內扣除。