為防止企業藉移轉訂價之操控將合理利潤留在低稅率或免稅區以規避賦稅，國稅局查核關係企業移轉訂價避稅時，常就下列事項提出爭議。
（一）以一般概況選案查核
一般來說，所執行功能愈多且負擔風險愈高企業，所應取得報酬也應越高。然在實務上，各行各業的實際經營表現也會有受產品或產業生命周期等與功能及風險無直接關係之影響。例如一些剛進入夕陽產業的公司，縱使執行相當多的功能且亦負擔相當高風險，其仍有獲利不佳之可能。特別是這些企業若仍保有相當高的營業額及高額的關係人交易，則就容易被國稅局選為調查對象。國稅局往往會認為一間功能完整公司若能達成鉅額銷售額，則亦應有能力繳交合理所得稅。落入這類別的公司，則應特別注意其是否保有一份強而有力的移轉訂價分析文件。文件及後續說明的強或弱則會直接影響最後國稅局要調整或不調整移轉訂價結果。
（二）受控交易大幅變動
除了一份完整集團核心文件說明成本及利潤已按功能風險配置獲得適當的安排，當年度任何不尋常交易或利潤異常變動均須盡量避免，以免被認為有不合商業合理安排，而有被補稅之虞。舉例來說，甲公司每年申報約40%的營業淨利率，年底時為因應外國母公司要求而透過關係人交易，大幅度一次性將營業淨利率向下調整，調整後營業淨利率仍居於常規交易區間，惟國稅局認為該公司未能具體說明此調降獲利交易之合理性，此安排不具有合理商業目的，否准認列。甲公司不服，經提起復查、訴願及行政訴訟後，仍被行政法院駁回。
（三）核定通知書
台灣有許多中小型企業的收入總額已達替代文據的門檻，然而鑑於預算及抱持僥倖心態，認為收到營利事業所得稅核定通知書即代表逃過一劫，不須準備該年度移轉訂價文件，也因此更將帳冊以外的分析及管理資料銷毀。惟收到營利事業所得稅核定通知書並不代表國稅局已放棄查核移轉訂價，稅捐機關目前對移轉訂價部分並無發核定通知書之制度，故企業除了善用避風港條款簡化移轉訂價分析，平日也須規劃可比較資料之搜集與保存，備妥關係人交易相關證明的文件，以面對國稅局的查核時能適時的因應與調整。
（四）他國製作移轉訂價報告未必會被採用
移轉訂價在經貿全球化的潮流下是影響企業營運管理與獲利的一項重要考量，企業應參酌不同課稅領域的規定，規劃相關租稅成本以降低稅務風險。由於不同國家和地區的稅務機關對移轉訂價的立場不同，觀點也日漸分歧。許多案例顯示出國稅局或法院對他國所出具之移轉訂價報告時有爭議，即使是拿出國際知名顧問公司所準備的全球移轉訂價報告也不能當作免死金牌，因此企業實不宜陷入國外製作之移轉訂價報告在台灣就絕對可用的迷思。
在經貿型態國際化的發展趨勢下，跨國企業要如何充分掌握各國稅捐機關的查核重點，如何透過整體稅務規劃來分配集團內部的利潤，以達到降低稅務風險及避免重複課稅，是目前跨國企業在永續經營的目標上一項重要的課題。
（本文作者是Grant Thornton Taiwan正大聯合會計師事務所稅務經理）
