狄托過世之後，1980年代，由於這樣的情況對於塞爾維亞發展十分不利，塞爾維亞多次提出有修正1974年憲法的必要性，但是卻招到忽視。這樣的待遇使得塞爾維亞產生民族被打壓的感受。差不多也在此同時，阿爾巴尼亞人開始認為，由於其民族人數高於蒙地內哥羅及馬其頓，應該在聯邦中享有共和國的地位。並將科索沃當時環境惡劣的原因歸咎於塞爾維亞，逼迫大量的塞爾維亞人遷出科索沃。這兩樣因素導致米洛塞維奇的崛起，米洛塞維奇利用塞爾維亞歷史中科索沃戰役的傳說，宣稱科索沃是塞爾維亞永不可分的一部分(這樣的手段有點當初顧維鈞說的：中國不能失去山東，就像西方不能失去耶路撒冷)。這種虛幻的民族主義位他號招了極高的支持度，因而在1989年修憲，悍然收回兩省的自治權。

同時，塞爾維亞開始抑制阿爾巴尼亞語的教育，以塞爾維亞語的替代之，並且破壞原先以阿爾巴尼亞人為主的科索沃共產黨，以塞爾維亞人代替，又在政府機關中大量使用塞爾維亞人。這樣的舉動導致阿爾巴尼亞人建立了自己的地下議會及教育制度，並且透過各種管道要求至少要恢復1963年憲法賦予的自治地位；然而，隨著1991年南斯拉夫內戰的暴發，越來越多阿爾巴尼亞人主張脫離塞爾維亞獨立。於是1992年五月，依據1991年的98%贊成獨立的公投結果，科索沃阿人的議會宣布成立科索沃共和國。

然而，在1996年以前，科索沃的阿爾巴尼亞人與塞爾維亞人並沒有任何衝突，科索沃在這段期間一直和平的方式尋求獨立。直到1995戴頓協議簽署，波士尼亞戰爭落幕後，科索沃認為一直和平的方式尋求獨立不受到西方的重視，聲稱「難道一定要爆發戰爭才能獨立嗎？」。因而在1996年二月，科索沃解放軍開始攻擊科索沃的塞爾維亞的警察局及政府設施。

有媒體報導說西方國家給予科索沃解放軍經濟及訓練，但是我們姑且不管這部份。西方國家在1998年開始大幅度的涉入塞爾維亞與科索沃之間的衝突，試圖以談判的方式解決塞阿的問題。然而在談判當中米洛塞維奇表示，「除了獨立什麼都可以給」，科索沃卻表示「除了獨立什麼都不要」。談判雙方在沒有交集的情況下破裂，之後科索沃多次拒絕參予談判。隨著衝突持續擴大，塞爾維亞控制科索沃通往阿爾巴尼亞的道路，數萬阿爾巴尼亞人為逃避戰亂離開科索沃，於是西方國家聲稱塞爾維亞在科索沃進行種族清洗。