索拉、唐老鴨與高飛從沉眠中醒後發現自己在黃昏之鎮，在探索街道之際遇見了國王陛下。國王陛下叫他們先乘坐火車離開，於是他們只好依照國王陛下的命令乘坐火車，好不容易去到不思議之塔。在那裡索拉與國王陛下的老師伊安•西特(Yen Sid)見面，伊安•西特告知他們世界起了轉變，有一班自稱XIII機關的人帶領被稱為無存(Nobody)的怪物在暗中活動。為了拯救各個世界，伊安•西特給索拉新的力量，並命令藍天、翡翠以及花拉三位仙子替索拉換新的裝備，再次在各個世界冒險。

概要
本作與王國之心系列其他作品一樣，結合了迪士尼與太空戰士系列的人物。主題歌再次採用宇多田光作詞、作曲及主唱的歌曲「Passion」，而英語版亦是由宇多田光唱作的「Sanctuary」。
而限製版「Kingdom Hearts Trinity Master Pieces」亦同時發售，收錄了王國之心系列的3款作品。
發售後3日突破100萬張的出貨記錄。同時，北美也在發售後1週達到100萬張的銷售額，歐洲亦發售50萬張，在2006年9月尾系列累積的總量已經超過1000萬張。
遊戲發售前獲得「9th CESA Game Awards Future」優秀獎。亦在「Fami通 Awards 2005」獲得大獎，負責導演的野村也獲得最優秀創作者獎。


故事
住在黃昏之鎮(Twilight Town)的少年洛克薩斯(Roxas)，與朋友海涅(Hayner)，平茨(Pence)，奧萊特(Olette)一起快樂地度過著剩得不多的暑假。但是，最近他常常夢見一個從未見過的少年，而在街又看到一些他人看不見的怪異現象。經過幾番追查，洛克薩恢復記憶，發現自己其實活在電腦的虛擬世界中，目的是要令沉睡中的索拉(Sora)甦醒，最後他遇見了索拉，而他的暑假宣告結束了……