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特別費案南北檢方意見南轅北轍，檢察總長陳聰明決定近期召開檢察長會議，研討統一見解。但檢方遲至案件已出現重大分歧之後，方決定統一見解，已嫌太晚，許多難題恐怕開會亦是無解。
先談開會結論將如何落實。此會將對特別費的法律定性，以及領用首長是否觸犯貪汙治罪條例之利用職務上機會詐取財物罪等作出統一見解；因此，其結論須在高檢查黑中心的「有罪說」，或者南檢的「無罪說」擇其一。
採擇之後，若為「有罪說」，那麼南檢不起訴的二許案「不需發票」部分即應重新偵查，改按陳瑞仁和侯寬仁的標準，將二許全部金錢進出查個徹底，包括許添財遲至「案發後」才繳回部分款項，亦須重加認定。反之，若採「無罪說」，則檢方恐須命負責公訴馬案的檢察官撤回起訴，以示公平公正。
然而，無論作出那一種結論，社會觀感如何暫且不論，執行起來恐怕都非常困難。先就南檢二許案的進度言，檢察官既已作成不起訴處分，以本案刑度之重，須依職權送高檢審核；高檢固然有權命重新偵查，但必須高檢願意配合讓全案等待檢察長會議的結論作成。倘若高檢承辦檢察官不等待亦不理會檢察長會議的意見，逕自同意南檢意見，則不起訴處分即告確定；此時，依法除非有新事實新證據等法定理由，即不能任意重啟偵查。而檢方法律見解的變更，能算是法定的理由嗎？
相對而言，如果檢察長會議採「無罪說」，則恐須由檢察首長指示北檢公訴檢察官撤回對馬案之起訴，方屬公平。倘若北檢公訴檢察官拒不同意，此時惟有檢察長動用職務移轉權，改命其他願配合的檢察官負責馬案並加以撤回。這些程序縱然在法律上辦得到，但政治上的效應卻難以估計。若檢方採此行動，查黑中心的陳瑞仁和侯寬仁會有什麼反應固難逆料，綠營恐將出現強烈的反對行動；屆時，檢方能否堅持下去，政府高層是否會干預，皆屬不確定。
所以，在特別費案已出現個案分別偵結、法律見解卻完全相反的情形後，方決定研究統一法律見解，實已為時太晚；而檢察長會議之任何結論若無法落實，將造成更不公平、更不正義的情勢，而且對馬英九尤其不公平。因為，二許「不需發票」的部分畢竟已獲不起訴，而馬英九則官司纏身；任何結論不能落實，對二許沒什麼差別；但倘採有罪說，二許不辦，馬英九仍照辦，對馬不公平；若採無罪說，二許本來就不起訴，馬案卻撤不回來，對馬還是不公平。
再回過頭來談會議如何召開。首先是參加的人員。依檢察總長的構想，是各級檢察長參加；倘若如此，檢察長的意見能代表該檢察署全體檢察官的意見嗎？如果不然，又如何確保各案件承辦檢察官均將遵照會議結論辦理？例如，倘採無罪說，查黑中心若因而同意對其偵辦中的民進黨四大天王案等全部不起訴，但北檢公訴檢察官卻不同意對馬案撤回起訴，豈非更不公平？如何讓參加會議的人員具代表性，更重要的是具拘束力，恐怕皆不易做到。
其次，這種統一法律見解的會議，向以最高法院民刑事庭的統一見解會議為指標；過去縱有下級法院或檢察署座談討論法律爭議，但這類意見尚須受法務部或司法院主管單位的審核，且亦不會與最高法院的意見相反。而最高法院這類會議向採多數意見說，會後實務上各級法院亦均採納，少數意見即遭放棄。如今，由檢察長開會研議，是否亦採多數決？且其意見是否即為定論？恐須於召開之前均須有所決定。
為特別費案召開檢察長會議，在具體案件處理上可能為時太晚，困難重重，實益不大；但檢察體系若能藉此反省這類案件造成的嚴重社會和政治效應，今後力求在程序和實質上公平處理案件，更勿再蹈高檢查黑中心拒絕事前會商共同標準的覆轍，或許也算是一種收穫。
