宇昌案內幕不斷曝光，外界除看到蔡英文在其中穿梭的身影，更嚴重的，是少數一二閣員即可隻手遮天，瓜分國家資源。其間，政府體制橫遭扭曲與踐踏，歷歷在目，這真是幽暗的一頁。
根據最新揭露的訊息，早宇昌案兩年即投資研發同款新藥的「南華生技」，在向國發基金申請補助時，因參與審核的國發委員何大一的關鍵性反對，遭到否決。然而，事後卻由何大一和蔡英文等人共組宇昌公司，以研發一模一樣的TNX355新藥，竟在短短數月內向國發基金獲得了六點六億元的補助。兩家公司研發的是同款新藥，為何有此差別待遇，這正是整個故事的最大疑竇。
更蹊蹺的是，何大一既以市場規模太小、價格太貴等理由，否決了南華生技案；卻又在宇昌案中以發起人擔綱研發同款藥物，這不僅是「球員兼裁判」，更難脫中途打劫的重嫌。當時，南華公司曾以「利益衝突」為由，要求何大一迴避審核，但行政院卻坐視不理，也留下更深的掛鉤疑雲。在宇昌以TaiMed名義申請國發基金時，有相當的時間和「南華」案同步並行；看來蔡英文和何美玥之所以將公文往來列為「極機密」，難道為的是掩飾宇昌「劫鑣」的醜行？
二○○七年二月，何美玥在尚無國發基金主委身分時，即越權並跳過正規體制，逕自密簽蔡英文與蘇貞昌同意國發基金投資宇昌兩千萬美元。這個跳躍的程序，直到三個月後，才召開會議由國發委員進行事後追認。試問，這種管理人如何可受信託？再說，當時南華已經眉目齊全，TaiMed卻只是紙上公司，而何美玥竟為其簽發密文；兩相比較，捨棄成立達兩年的南華，卻力挺幽靈般的TaiMed，這種決策豈止漫無標準，簡直已是是暗無天日。
科員出身的何美玥，始終保持其鮮明的事務官性格；而律師出身的蔡英文，向來咄咄逼人。正因如此，蔡英文卸任後，連宇昌公司都還沒成立，即去函何美玥催促國發基金立即撥款。甚至在其家族僅出資七千萬元的另一家「台懋生技創投」，蔡以不到一成的資金卻大剌剌要求占有四成五的董事席次，何美玥也視而不見，竟在二○○八年總統大選前四天火速核定國發基金承諾投資其八點七五億元。
亦即，在蔡英文失去副閣揆身分、成為民間企業負責人後，何美玥對她仍事事配合，有如兩人仍是長官部屬關係。而蔡英文也毫不避諱，她一面大剌剌地出任宇昌董事長，一面部署自己的家族事業成為生技的「超級育成公司」，一面利用自己副閣揆時代的政治影響力號令扁朝官員聽命於她，另一方面還以「生技教母」自居，把一批知名生技學者擁為自己的後盾。至於她向楊甦棣誇耀自己如何親自撰寫「生技新藥產業發展條例」，這恐怕也是台灣政治史上聞所未聞，一個政務官親手寫出一個法案，親自推動它實現，然後自己成為這個法案的「最大受益人」。她把國家的行政、立法體制全攬在自己的袖裡，迅速黑箱解決。試問：若換作是藍營政務官發生這樣的事，人民會接受嗎？民進黨會善罷干休嗎？
二○○七年，當蔡英文正為她的「生技教母」鋪路之時，扁家貪瀆已是鬧得全國風雨，而蘇貞昌為了爭取總統初選提名正和謝長廷殺得不可開交，整個政府運作已脫離常軌；在這種亂象下，蔡英文推動生技立法，被少數業界喻為「媽祖」，卻沒人看出她的真正意圖。整個過程中，她掏空國家體制，肥了自己；乃至宇昌投資的條件一再變更、惡化，卻因決策一直在黑箱之中進行，加上「極機密」的護符，以致未受到必要的監督。這一頁頁看下來，實令人嘆為觀止。
劉憶如公布當初的機密文件，被綠營指控是「背信」行為。如果這個罪名成立，那麼蔡英文一路踰越行政程序、踐踏體制、徇私自肥，除了背信，恐怕還要加上瀆職、圖利等罪名吧？決策時一手遮天，面對問題又無意坦白面對民眾；這樣的人物一旦當上總統將如何？
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