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國家機密究竟可否凌駕司法，這可能已涉及國家道德與價值支柱核心議題的哲學辯證，當一個國家，可以用國家機密的冠冕，阻卻一切司法的調查與審判，這件事情的嚴重性，是司法更朝侏儒化發展，而統治階層卻可以濫用國家機密，讓罪惡橫流於廟堂之上。
司法獨立之義，似乎並不應該只是法官審判時，擁有不受政治、經濟等外力干擾其思考與判斷的權力，而更應是司法在懷疑與發掘犯罪的一切程序上，沒有任何無法到達之境。大法官的解釋文，卻劃出了一塊禁區，這塊禁區的大門上掛著「國家機密」的門牌，司法人員不能進入，也無權進入。但罪惡能否進入呢？可以，只要總統說，進來，就進來了。
大法官解釋的意旨，當然是為避免因為機密外洩，而使得國家的安全陷於危殆，因此同意總統應有一項可以判定機密與否的特權。按其思量的重心，不可謂不是用心良苦。但大法官卻仍然無法解決，當一位總統並非為機密與否做出判定，而是為罪惡做出該曝光還是該掩蓋的決定，司法因此面臨的嚴重矮化的難題，大法官可曾思慮過，當司法的支柱崩坍之後，國家豈不一樣地崩毀了嗎？
原本總統該是一個國家德行與操守典範的示範者，若每位總統果都如此，賦予總統這般特權，並不會有太多疑慮，但當總統就是一個高度可能的罪犯，這個特權馬上就反轉成罪惡的保護傘，此項特權就不只是對抗司法，甚至可用以羞辱司法、醜化司法。
如今陳水扁就是用這個特權，直接向法院挑戰，他完全忘了，他是一個因為憲法規定而未被起訴的潛在罪犯，他使用此一特權，絲毫不覺汗顏，也絕不思考這對司法的危害，及日後可能產生的後果，他等於更明白地向全國人民，示範如何用法、用權位，為罪行掩護。
陳瑞仁說得好，「種村碧君的發票是國家機密嗎？」一語道破了陳水扁運用此一特權的本質。不但如此，陳水扁只要此次，能成功捍衛他與吳淑珍的貪瀆後，又可馬上化身道德的聖神，打國民黨的黨產、數說國民黨的罪惡，然後再繼續他的政權，並且讓那個政權，繼續遂行過去未遂的罪惡。
