義民廟的設立可追溯至乾隆五十一年(1786年)爆發的林爽文事件。當年林爽文於大里杙(今臺中大里鄉)起兵造反，亂事一路延燒北上，竹塹城（今新竹市）亦失守，六張犁地區(今竹北市六家庄)旋遭波及，六張犁當地林姓族長林先坤聯合石壁潭庄劉朝珍、陳資雲等人之力，共組義民軍，率領客家以及竹塹社人，援助清軍對抗林爽文部眾，不僅成功保衛了六張犁、員山仔(今竹東鎮員山里、頭重里一帶)，隨後更收復了竹塹城，並一路隨清兵南下平定叛軍。

　亂事平定後，各地方士紳於清乾隆五十二年(1787)將此次戰役中不幸犧牲的二百餘名義民屍骨合葬於新埔枋寮庄，並立「粵東褒忠義民總塚」，乾隆皇帝且特頒親書「褒忠」敕令獎勵，先由林先坤於六張犁建聖旨樓安置，次年(乾隆五十三年，1788年)由地方仕紳捐地出資籌建義民廟，於乾隆五十五年（1790）冬，峻工落成。

　之後同治元年(1862年)彰化戴潮春亂事發生，義民再次成軍參加平亂，百餘人捐軀，忠骸拾葬於原有的義民墓旁，是為「附塚」。1895年義民廟遭受戰爭回祿之災，墓塚亦受毀損，直到1899年才由湖口庄輪值經理徐景雲等號召十四大庄信眾捐資重建，並於1904年廟宇重建完成。1921年開始修建廟後義塚，於1923年十二月六日完工。

　新埔義民廟早在設置之初便是墾荒時期客家移民心靈的寄託，現今更成為客家人不畏艱苦、開疆闢土的精神象徵。義民廟從道光十五年〈1835〉起每年舉行中元祭典，由祭祀圈內各庄輪流舉辦。從清道光十五年（1835年）開始，依序為六家、下山、九芎林、枋寮、新埔、五分埔、石岡、關西、大茅埔、湖口、楊梅、溪北、溪南等。到了光緒三年（1877年），大隘地區加入輪值，成為第十四大庄。民國六十五年，溪北區因祭典區域太大，又劃分為新屋、觀音二區，變為十五大庄祭典區。十五聯庄信仰規模之大、範圍之廣為全台首屈一指，義民廟也漸漸由枋寮庄、六張犁庄的私家信仰，成為全台客家人民共同的信仰中心。