劇情介紹:

小智、小霞、小健及皮卡丘一行人來到了橘子群島（火箭隊在他們的後面跟隨著），在行徑的路途上遇到了暴風雨把他們吹到了"亞西亞島"，來到這裡剛好村民在舉行祭典，在祭典上小智從芙蘆拉的口中聽到一個古老的傳說，『急凍鳥、火焰鳥、閃電鳥不能相互接觸，不然會引起天地間的憤怒，世界會遭到滅亡』。然而這時收藏家吉爾露太為了達到自己的目標抓洛奇亞，不惜破壞這個古老的傳說，首先他到火之島的上空發動攻擊引出火焰鳥再把抓起它。小智從芙蘆拉的口中得知這個古老的傳說，然而在祭典上芙蘆拉要小智成為拯救世界的人，但必須得到三樣寶物，這三樣寶物分別在火之島、雷之島、冰之島。小智決定馬上與皮卡丘和船長到火之島找尋第一個寶物。在火之島的路途中卻遇到暴風雨，因為火焰鳥已被抓，所以這地方的自然環境己經遭受到破壞。一到火之島，皮卡丘馬上帶著小智去找尋第一樣寶物。而就在這個時候，因為芙蘆拉認為是他讓小智走向危險的地方，所以芙蘆拉、小霞、小健就決定去找小智（火箭隊躲在船的裡面），當然，芙蘆拉他們也遇到了暴風雨。這時在火之島的小智與皮卡丘要離開時遇到火箭隊，而就在火箭隊要強奪皮卡丘時，芙蘆拉一行人剛好來到。然而芙蘆拉與小智說話的同時，閃電鳥出現在火之島，就在皮卡丘用它的電擊與閃電鳥說話時，壞人出現了，它把閃電鳥的能源吸收後就抓了閃電鳥，連同小智一行人也被抓了。
被收藏家吉爾露太抓到的小智一行人，見到壞人時發覺是這些人破壞了自然界的生態，就決定要解救被困的火焰鳥及閃電鳥。同時，這些壞人正在抓急凍鳥。而小智、小霞、火箭隊把所有的神奇寶貝們全都有叫出來，用盡所有的力量，終於救出了火焰鳥，然而火焰鳥就把閃電鳥救出來，兩隻神奇寶貝開始破壞這個壞人的飛行船。 就在火焰鳥及閃電鳥正在破壞飛行船的同時，急凍鳥也來加入他們的行列，所以飛行船便因此迫降在雷之島，小智也因此得到第二個寶物。