劇情簡介:

立志成為出色的神奇寶貝訓練師，小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯遊樂場，認識魔術師巴特勒與黛安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…
那是在「沉眠之繭」中沉睡了千年，可幫助人們達成願望的神奇寶貝─基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇上了擁有純真心靈的夥伴便會甦醒。 為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的伙伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中甦醒過來。
雖然基拉祈只能停留短暫的7日後便會消失，但是還沒有屬於自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈擁有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，並且想利用他來完成願望…
不懷好意的巴特勒，他的願望是什麼呢？ 小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？