劇情簡介:

以城都聯盟為目標而旅行的小智一行人,某一天,在森林的祠堂前碰見了昏厥的雪成和受傷的傳說的神奇寶貝"雪拉比"，
雪成和雪拉比是在森林被無情的神奇寶貝獵人緊追時,被捲入[超越時空的力量]從40年前的世界來到這裡.
為了救受傷的雪拉比,小智一行人和少年往神奇寶貝中心前進.但是在他們面前卻出現了火箭隊最高幹部比夏司.因為他想要收服雪拉比,而阻擋在小智他們面前.他使用了最強的機械和"黑暗球"(收服到的神奇寶貝都會變成邪惡的神奇寶貝)來對付小智他們。在與激烈的戰鬥中,小智和雪成間產生了超越時空的友情.但是到了最後,還是讓比夏司給收服了雪拉比,因此小智跟皮卡丘出現了重大危機！這時,傳說中的神奇寶貝"水君"突然出現了,擁有能讓一切事物淨化的他,是否能幫助小智他們解決危機呢?這場神奇寶貝史上最強的戰鬥的結果是如何呢.........???