劇情介紹:

一個年輕的女孩--小美，和她的父親秀力博士住在可以使心平靜的綠色草原，還有一座塔。

不知名的神奇寶貝"未知圖騰" 因為小美父親留下的不知名卡片給小美，而來到世界上。小美漸漸的無法分辨真實與幻想的差異。似乎由於「未知圖騰」的幫助，小美住的塔漸漸被結晶所包圍，外在的世界顯得一片模糊，小美更為深陷在幻象世界中。「未知圖騰」為小美建造結晶塔，是為了幫助小美忘卻孤寂，於是結晶開始擴散，吞噬一切。因為小美想要媽媽，而在塔中化身為她爸爸的炎帝便將小智的媽媽帶進幻之結晶塔，來充當小美的媽媽，使得小智無法置身事外。小智必須設法解救媽媽和小美，擺脫結晶塔神秘力量的控制。但是兩人已經被扭曲的幻象迷惑，她們的認知完全脫離現實，以致相信自己在塔中過著幸福快樂的生活，根本不想出來。

到底結晶塔和綠色場地會如何呢？小智和皮卡丘要如何帶回媽媽和小美，並防止世界被結晶所侵食呢？小智等人面對更大的挑戰，震撼的戰鬥場面，描繪親子情感的物語展開。