哲學、神學、無神論都在《駭客任務》裡有濃重的表現。諾斯替教的教徒也會注意到很多相關的主題。還有很多內容涉及印度教、佛教、道教和基督教，還蘊含啟蒙、涅槃、重生的概念。對印度教和佛教的深度涉及包括自由意志對抗命運，還在電影的配樂中使用印度教的頌歌、理念、虛幻 (Maya) 、因果報應 (Karma) 和自然存在的多種觀點。《駭客任務》以很多方式解析真實、超現實，還有人的觀點是，實質的、物理的世界才是虛幻。

一些基督教自由主義者說我們正生活在這樣的世界，離開這個世界的方法就是被教化、啟蒙。他們相信達到啟蒙的人有亞伯拉罕 (相傳為希伯來人的始祖) 、摩西 (《聖經》故事中猶太人古代領袖) 、施洗約翰、耶穌和穆罕默德 (伊斯蘭教創始人) 。他們認為電影中Neo、Morpheus和Cypher對應聖經新約中的耶穌、施洗約翰和猶大。這些基督教自由主義者相信駭客任務和現實唯一的區別是，外部世界應該是天堂而不是電影中描述的黑暗的世界。

現在有許多書和網站探討駭客任務哲學。其中最主要的探討是這個問題：我的世界是真實的還是虛擬的？這個是模擬現實的核心問題, 而其他電影亦有提出，譬如eXistenZ和The Thirteenth Floor (都和《駭客任務》同年發行，但在票房和受注意度都不及《駭客任務》) 。還有相似的電影，The Truman Show (楚門的世界) 和Abre los ojos (翻拍為Vanilla Sky) 。這個學說還被哲學家Nick Bostrom升級，寫成《你生活在一個電腦世界嗎？》

《駭客任務》以相似的文學精度跟隨《Campbellian monomyth arc》的所有階段，甚至包括周游，大戰發生於地下這樣的細節，甚至三個頭的永生敵人 (電影中三個特工) 。

先知的角色類似古希臘神話中的先知角色。細緻的說，她對Neo的警告十分類似神話中先知給斯巴達王列奧尼達一世在塞莫皮萊大戰前的警告。在希臘神話中，她警告列奧尼達一世說，要麼他的城市被毀滅，要麼一個斯巴達國王必須死去，所以列奧尼達一世必須選擇自己的生命或是整個城市的命運。深遠的說，如果Neo選擇救自己的命，Smith就能從Morpheus那裡得到進入Zion城的密碼，那Zion就會毀滅。所以，根本上說，Neo的選擇和列奧尼達一世一樣：他自己的生命，或是整個城市的命運。

《駭客任務》背後的觀點基於哲學的認識論，比如柏拉圖的洞穴理論和笛卡爾的《第一哲學沉思錄》。在一個唯我論的著名的實驗中，物體只是缸中之腦；《駭客任務》里，Neo是被裝在營養皿中。是否選擇紅藥片，接受真實的選擇類似上世紀70年代的一個美國哲學家羅伯特·諾齊克(Robert Nozick) 設想的一個實驗。

後現代思潮在電影中也有重要的地位。在電影開頭，Neo藏非法軟體的書是法國哲學家讓·鮑德里亞 (Jean Baudrillard) 的《模仿和擬像》 (Simulacra and Simulation) ，這部作品描述了基於擬像的超現實體驗。人們往往用鮑德里亞的哲學來論證《駭客任務》是對現代商業化，媒體化社會的寓言。

Morpheus的著名臺詞"pulled over our eyes to blind us from the truth" (拉到我們眼前來使我們看不到真實) 直接來自Charle Peirce的言論。

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