中華民國第12任總統大選結果揭曉，國民黨候選人馬英九當選總統，蕭萬長當選副總統，共獲得765萬8724票，得票率為58.45%，民進黨候選人謝長廷獲544萬5239票，以221萬3485票之差敗選，國民黨重新奪回執政權。

這屆總統大選全國選舉人共1732萬1622人，由於天氣晴朗，投票率高達76.33%。得票率方面，馬蕭配獲58.45%的選票，謝蘇配獲41.55%的選票，無效票有11萬7646票，馬蕭得票率和得票數雙雙創下總統直選以來最高紀錄。

開票進行15分鐘後，馬蕭配一路領先，21縣市拿下16縣市，謝蘇配僅在被視為民進黨傳統票倉的雲林縣、嘉義縣、台南縣、高雄縣、屏東縣領先，惟領先幅度均不大。

晚間六點左右，馬蕭配得票已超過700萬票，競選總部即率先宣布當選，支持者聞之歡聲雷動。馬英九也在七點半正式對外發表勝選感言。

馬英九說，「民主自由是台灣最珍貴的資產，是台灣最大最迷人的資產，民主自由是台灣核心價值，未來馬蕭會以最大力量、以生命捍衛它。」

馬英九表示，台灣人民不希望大富大貴，但是有權利要求不要過苦日子。現在勝選高興，但更重要的是，這是重大責任的承擔。立委選舉國民黨勝選，獲得絕對多數，現在總統支持率又過半，這表示人民支持國民黨完全執政、完全負責，肩上的重擔不是千斤而是萬斤。

謝長廷晚間七點半左右正式宣布敗選，「人民已經用選票做出選擇，我願意肩負最大的敗選責任，將持續守護台灣、守護人民，我的生命屬於台灣，捨此無處可去，這次敗選向大家深深抱歉。」

上屆總統大選，總投票數為1325萬1719票，投票率為80.28%；代表民進黨的陳呂配拿下647萬1970票，得票率50.11%；國民黨的連宋配拿下644萬2452票，得票率49.89%。

相較之下，本屆投票率下降3.95個百分點，國民黨的馬蕭配較連宋配增加121萬6272票，得票率增加8.56個百分點，謝蘇配則較陳呂配減少102萬6731票，得票率減少8.56百分點。

合併舉辦的入聯和返聯公投案，雙雙未過成案門檻，由民進黨提出以台灣名義加入聯合國第五案公投案，共有620萬1677人投票，投票率35.82%，同意票552萬9230票，同意率94.01%，不同意票35萬2359票，不同意率5.99%，無效票32萬88票；國民黨提出重返聯合國案則有618萬7118人投票，投票率35.74%，同意票496萬2306票，同意率87.27%，不同意票72萬4060票，不同意率12.73%，無效票50萬749票。

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