另外子宮、子宮頸或陰道的先天性異常也可能會造成痛經，較常見的就是雙子宮，包括子宮中膈等。造成痛經的原因主要是經血無法順利排出，或是無法排出而累積在子宮、子宮頸、陰道甚至於在輸卵管中。而這些先天性異常，只要適當地手術治療，如子宮整形術、腹腔鏡手術或子宮鏡手術將子宮中膈切除等治療，懷孕能力並不受到太大的影響的。

子宮腔內沾黏（intrauterine adhesion，或Asherman syndrome）有時也會造成痛經和不孕。子宮腔內沾黏大多發生於流產手術之後、或是不完全流產，少數是感染（如結核菌）或子宮內的手術（如子宮肌瘤或子宮中膈）引起。症狀大多是經血量變少了，偶而會合併下腹痛。造成痛經的原因主要是因為子宮下段沾黏，或子宮頸沾黏變窄所造成。其實輕微的沾黏並不會影響懷孕，比較嚴重的沾黏（大約一半以上的子宮腔都沾黏）才可能不孕。通常以子宮鏡手術治療合併防止沾黏的措施便可以大幅改善這個問題。

而痛經合併不孕最難處理的大概是子宮肌腺瘤了。除了不孕之外，也可能流產或早產，而目也沒有一個較理想的治療方式。最好的方法是如果有成功懷孕過，生產完後的一、兩年內趕快再試看看能不能懷孕；如果一直沒能懷孕，先以GnRH agonist（如Lupron depot）治療似乎是目前比較好的方法。